ED算法和SNP-index算法计算SNP位点的比较分析——以拟南芥为例

来源：计算机工程与科学杂志2022年第4期北京时间：

作者：甘秋云

单位：（福州理工学院应用科学与工程学院，福建 福州 350014）

摘要：SNP（单核苷酸多态性）是发生在DNA序列上单个核苷酸碱基之间的变异,是生物可遗传变异中最常见的一种变异。ED算法和SNP-index算法是计算SNP位点的2种常用算法。由高通量测序获得拟南芥F2代全基因组测序数据，基于Linux平台对测序数据进行过滤、筛选和比对，通过算法实现结果，比较不同算法检测得到的SNP位点数量和SNP基因型比例。实验结果表明，通过ED算法得到的SNP位点数量更多，分布更广，相对分布密度大于SNP-index算法的，但是2种算法得到的SNP位点数量和SNP基因型比例相近。

关键词：单核苷酸多态性（SNP）,生物信息,ED算法,SNP-index算法,

基金资助：福州理工学院校级科研基金（FTKY21053）