羊口疮病毒贵州株F1L基因克隆及生物信息学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第1期北京时间：

作者：刘嫒, 杨钰, 鲜思美, 刘宗胜, 吴健, 罗波, 陈永翠

单位：1. 贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室, 贵阳 550025;2. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025;3. 毕节市动物产品质量安全监督检验所, 毕节 551700;4. 毕节市七星关区农牧局草地中心, 毕节 551700

摘要：为分析羊口疮病毒贵州株(ORFV-GZ株)F1L基因的分子特点,预测编码蛋白的生物学功能,本试验对ORFV-GZ株F1L基因进行PCR扩增、克隆及序列测定.应用生物信息学相关软件及方法,对ORFV-GZ株F1L基因进行列分析并对其编码蛋白进行了二级结构、B细胞表位、保守结构域、跨膜结构域和信号肽预测.结果显示,F1L基因PCR扩增产物大小为1 029 bp,编码342个氨基酸;与OV-SA00株、NZ2株、OV-IA82株和D1701株相应序列核苷酸同源性分别为98.4%、97.9%、97.8%和96.8%,氨基酸的同源性分别为98.3%、97.6%、97.3%和95.3%;系统进化树显示,ORFV-GZ株F1L基因与FJ-GT株亲缘关系最近;二级结构以α-螺旋和无规则卷曲所占比例较大,预测此蛋白可能存在7个B细胞优势抗原表位,两个跨膜区域,无信号肽区域.本试验结果将为贵州省ORFV免疫诊断及核酸疫苗研究提供理论依据.

关键词：羊口疮病毒;F1L基因')">F1L基因;克隆;生物信息学分析

基金资助：贵州省科学技术基金项目[黔科合J字(2010)2260];贵州省科学技术基金项目[黔科合LH字(2014)7667];毕节市科技局项目:贵州黑山羊羔羊口疮病防治技术攻关[毕科合字(2012)24号];贵州大学"SRT计划"项目(贵大SRT字[2012]075号);贵州大学2014年大学生创新创业训练计划项目[2014(016)]