山羊皮肤新microRNA的挖掘

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第4期北京时间：

作者：刘志红, 赵濛, 于梦然, 奈日乐, 王志新, 肖红梅, 赵艳红, 李金泉

单位：内蒙古农业大学动物科学学院, 呼和浩特 010018

摘要：已有证据表明,microRNA在动物皮毛发育和形态发生过程中发挥重要的作用.在山羊皮肤microRNA的研究中,数据库不完善仍是限制其功能研究的主要原因.本研究以山羊基因组为参考,对高通量测序中未注释的占总reads 5.40%的数据,使用Mireap软件预测的方法进行数据挖掘,并对新的microRNA的长度、表达量、基因组定位、靶基因预测及KEGG pathway进行分析.研究预测到28个新的microRNA,其长度分布与已知山羊、牛等动物的分布一致.对表达量统计表明,表达量在100以上的有4个,最高的是Novel-15,达到555;表达量在10~100的有19个;低于10的有5个.基因组定位研究表明,新microRNA在山羊染色体上分布均匀,在5、6、7、19和X染色体上分别有两个microRNA被定位.预测和分析得到6 519个靶基因.KEGG分析结果表明,有3 552个靶基因定位到51条通路中,占前3位的通路是Metabolic pathways、Pathways in cancer、MAPK signaling pathway.本研究发掘了更多山羊的microRNA,为今后山羊皮肤发育调控的研究奠定了基础.

关键词：山羊;microRNA;皮肤;MAPK

基金资助：国家863计划(2013AA102506);国家自然科学基金(31360537、31272421);内蒙古自然科学基金(2013MS0411);教育部博士点基金(20121515120009)