鸭甲肝病毒GX株全基因组序列测定及VP1蛋白生物信息学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第5期北京时间：

作者：黄云秀, 李传峰, 孟春春, 陈宗艳, 李露, 宋凯杰, 刘光清, 韦天超

单位：1. 广西大学动物科学技术学院, 南宁 530005;2. 中国农业科学院上海兽医研究所, 上海 200241;3. 西北农林科技大学动物医学院, 杨凌 712100

摘要：为探讨鸭甲肝病毒(DHAV)GX株基因分型特点及主要衣壳蛋白(VP1)的生物学特性,本试验对其进行全基因组序列测定,并应用分子生物学软件将DHAV GX株与DHAV 3个血清型参考毒株进行序列比对分析。结果显示,其基因组全长7 800 bp,由5'和3'非编码区(UTR)和一个大开放阅读框(ORF)组成。其中,5'UTR和3'UTR的长度分别为652和369 bp;ORF长度为6 756 bp,编码2 251个氨基酸长的多聚蛋白,其编码产物至少有12个(VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D);在分类地位上DHAV GX株属于DHAV-3,其与DHAV-3参考株核苷酸、氨基酸同源性最高;与DHAV-3 FS株亲缘关系最近,在同一较小分支上。DHAV GX株结构蛋白VP1以第195—201、211—221位氨基酸区段为B细胞优势表位的可能性较大。提示,VP1基因可作为研制DHAV基因工程疫苗的优势候选基因。

关键词：鸭甲肝病毒;全基因组;序列分析;VP1蛋白;B细胞抗原表位

基金资助：国家自然科学基金项目(31270194、31101848、31300141);"863"计划(2011AA10A200);广西大学科研基金资助项目(XB2100113)