牛多个组织microRNASolexa测序与生物信息学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第6期北京时间：

作者：刘飞, 杨继业, 孙志颖, 胡鑫, 李娟, 孔令娜, 梁瑞圆, 宋振宇, 张路培, 陈燕, 高雪, 李俊雅, 孙少华

单位：1. 河北农业大学动物科技学院, 保定 071000;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;3. 河北农业大学生命科学学院, 保定 071000;4. 内蒙古民族大学动物科学技术学院, 通辽 028000

摘要：本研究旨在发掘牛更多的microRNA(miRNA)信息及新的miRNA序列,为进一步研究miRNA的生物学功能奠定理论基础.运用高通量测序技术对来自一头西门塔尔公牛和一头荷斯坦母牛的多个组织的小RNA进行混池测序,对测序结果进行了生物信息学分析.随机选取了一条成熟miRNA:bta-miR-2346-5p和两条新预测的miRNAs:novel_miR-48和novel_miR-86,采用茎环RT-PCR进行验证.共鉴定了604条miRNAs,其中429条为牛的已知miRNAs,175条为新预测的miRNAs.通过茎环RT-PCR发现选取的这3条miRNAs在背最长肌、心肌、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、大肠、小肠中均有表达,证明了高通量测序结果的准确性.本试验得到的数据在一定程度上丰富了牛miRNA的数量和种类,为后续牛或其他物种的miRNA相关生物学研究提供了更加详实的信息.

关键词：牛;多组织;microRNA;高通量测序

基金资助：牛MSCs成肌/成脂分化中差异miRNAs的分离及调控机制(31201782)