酪氨酸相关蛋白酶1基因编码区系统发育分析和正选择位点检测

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第9期北京时间：

作者：李丽莎, 李祥龙, 周荣艳, 李兰会, 张永改, 马梦云

单位：1. 河北农业大学, 保定 071001;2. 河北科技师范学院, 秦皇岛 066004

摘要：酪氨酸相关蛋白酶1(tyrosinase-related protein 1,TYRP1)是酪氨酸酶家族成员之一,也是第一个成功克隆的色素基因。为了探究选择压力对TYRP1基因在生物进化过程中的影响。本研究利用NCBI下载不同物种TYRP1基因编码区核苷酸及其蛋白序列,通过Clustal X对TYRP1基因编码蛋白序列进行比对,利用Pal2nal在线工具生成密码子多序列比对,DAMBE软件判断该碱基替代饱和度适合构建系统树后,利用最大似然法和PAML软件分别分析不同物种TYRP1基因的亲缘关系和选择压力。结果表明,TYRP1基因进化与哺乳动物的进化分类最为接近,位点模型检测表明TYRP1基因在适应性进化中主要受负选择的约束,而且在进化过程中曾承受正选择作用,共检测到13个正选择位点。本研究从分子进化的角度分析了TYRP1基因的生物进化模式,为该基因结构和功能的研究提供了新的思路。

关键词：TYRP1基因')">TYRP1基因;毛色;碱基替代;亲缘关系;正选择位点

基金资助：河北省高校创新团队领军人才培育计划(LJRC004);河北省应用基础研究计划重点基础研究项目(15962901D);河北省科技计划项目(15226302D);河北省现代农业产业技术体系蛋鸡产业创新团队项目