7种家养动物全基因组微卫星分布的差异研究

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第9期北京时间：

作者：王月月, 刘雪雪, 董坤哲, 陈潇飞, 叶绍辉, 马月辉

单位：1. 云南农业大学动物科学技术学院, 昆明 650201;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193

摘要：为了研究7种家养动物全基因组微卫星的分布是否存在差异,本试验利用软件MSDB搜索了猪、马、牛、山羊、绵羊、鸡和犬7种家养动物全基因组微卫星序列,并对其进行了分析研究。初步结果显示,7种家养动物全基因组微卫星在数量、丰度和密度上都存在差异,其中数量、丰度和密度最高的是犬,共1 436 242个位点,数量最少的是鸡,共276 564个位点,但丰度和密度最低的是马,共430 760个位点。对这些微卫星的分析表明,所有物种全基因组中单碱基重复微卫星最丰富,六碱基重复微卫星数量最少,且6种重复类型的优势微卫星都富含碱基A和T。除这些共同点之外,微卫星的分布规律也存在差异。总的来说,牛、山羊、绵羊微卫星的分布规律最为相似,鸡与其他物种微卫星的分布规律相差最远。分析还发现,7种动物微卫星长度大多集中在12~20 bp之间,这可能是受到趋同选择压力的结果。据以上可以推测,物种间微卫星的分布存在差异,但也存在一定的保守性,且物种间亲缘关系越近,微卫星的分布也越相似。以上结果为以后微卫星的功能研究提供依据。

关键词：微卫星;重复类型;重复拷贝类别;微卫星长度

基金资助：国家自然科学基金(31272403);农业科技创新工程(ASTIP-IAS01);国家现代农业产业技术体系(CARS-40-01)