噬菌体vB_EcoM-Bp7裂解酶基因的密码子使用偏性分析

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第9期北京时间：

作者：卢国民, 张灿, 邹玲, 刘文华, 温建新, 任慧英

单位：青岛农业大学动物科技学院, 青岛 266109

摘要：通过生物信息学软件对噬菌体vB_EcoM-Bp7裂解酶基因的密码子用法及偏性分析。利用Mobyle中的CodonW 1.4.4及cusp程序计算密码子偏性的各种指标,并对7个噬菌体裂解酶基因序列中的总GC含量、密码子第1、2位GC含量平均值和第3位的GC含量进行分析,利用MegAlign软件对7株噬菌体裂解酶进行氨基酸序列分析,构建系统发育树。结果表明,除噬菌体phi68外,Bp7裂解酶基因与其他5株噬菌体的裂解酶基因密码子使用模式基本一致。偏爱使用以A或U为结尾的密码子;除了AUG(Met)和UGG(Trp)外,还确定了Bp7裂解酶使用的12种高频密码子;偏性比较发现,Bp7裂解酶基因密码子偏性与IME08最相近,与JS98次之;进化分析及聚类分析均表明Bp7裂解酶基因与IME08亲缘关系最近。分析结果将为进一步研究噬菌体Bp7的进化奠定基础。

关键词：噬菌体;vB_EcoM-Bp7;裂解酶基因;密码子偏性

基金资助：山东省自然科学基金(ZR2009DM009、ZR2013CQ024)