从江香猪SIM1基因SNPs筛查及生物信息学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2015年第9期北京时间：

作者：李俊, 张勇, 杨红, 张雄

单位：贵州大学动物科学学院, 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室, 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室, 贵阳 550025

摘要：本研究以从江香猪为研究对象,二元杂交猪(从江香猪×野猪)、外三元杂交猪(杜×长×大)为对照,采用DNA池和直接测序技术对3个群体的SIM1基因7个外显子、部分内含子以及3'非翻译区序列进行多态性检测;利用生物信息学软件预测多态位点对SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构的影响。结果表明,在3个群体的SIM1基因中筛查到12个SNPs,C77T位于第5外显子,T29186C、A29195C位于第9内含子,C63T、C225T位于第10外显子,C107T、A426G、T583C、A586C、A605C、A615C位于第11外显子,G267T位于3'非翻译区。其中C77T、T29186C、A29195C、C63T、C225T、C107T、G267T为同义突变,A426G、T583C、A586C、A605C、A615C为错义突变;5个错义突变分别导致异亮氨酸(Ile)变为缬氨酸(Val)、亮氨酸(Leu)变为脯氨酸(Pro)、谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala)、谷氨酸(Glu)变为天冬氨酸(Asp)、天冬酰胺(Asn)变为组氨酸(His);根据在线软件预测,突变前后的SIM1基因mRNA二级结构和蛋白质一级、二级结构均会发生改变。

关键词：从江香猪;SIM1基因')">SIM1基因;SNPs;生物信息学

基金资助：贵州大学引进人才科研项目《提高香猪产仔数及仔猪成活率关键技术研究与应用》(贵大人基合字[2013]21号)