民猪FoxN1基因的克隆及生物信息学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2016年第4期北京时间：

作者：李苓, 张冬杰, 汪亮, 王鑫鑫, 曹越, 刘娣

单位：1. 东北农业大学动物科技学院, 哈尔滨 150030;2. 黑龙江省农业科学院畜牧研究所, 哈尔滨 150086

摘要：试验旨在对民猪FoxN1基因的结构和功能进行初步探索。利用常规PCR技术对民猪FoxN1基因进行克隆,利用生物信息学手段对所获得FoxN1基因完整编码区序列进行分析,对民猪和大白猪的FoxN1基因序列进行比对,并构建分子进化树。结果显示,民猪FoxN1基因完整编码区长1 941 bp,编码646个氨基酸,分子质量为68.64 ku,理论等电点为5.81。FoxN1蛋白位于细胞核内,不存在信号肽,不是分泌性蛋白,不存在跨膜区,在第269-347氨基酸处有1个叉头结构域,该蛋白在不同的物种间有高度的保守性。克隆发现了3种转录剪切变异体,与变异体1相比,变异体2在第124-387核苷酸位置处发生缺失,变异体3在581-582处发生GCA插入。民猪与大白猪的FoxN1基因序列相比,存在4个突变位点,其中3个是同义突变,1个是错义突变,导致第108位的氨基酸发生了改变。由分子进化树得知,民猪与偶蹄目动物亲缘关系较近。上述结果表明FoxN1基因结构复杂,对其生物信息特性的探究将为进一步揭示民猪FoxN1基因的功能提供依据。

关键词：民猪;FoxN1基因')">FoxN1基因;基因克隆;生物信息学分析

基金资助：国家自然科学基金项目(31301955);黑龙江省自然科学基金项目(C201312);国家生猪产业体系岗位科学家(CARS-36)