猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

来源：中国畜牧兽医杂志2016年第5期北京时间：

作者：张雄, 张勇, 陈祥, 李俊, 白优, 陈村年, 李冬光

单位：1. 贵州大学动物科学学院, 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室, 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室, 贵阳 550025;2. 贵州省生猪健康养殖工程技术研究中心, 贵阳 550025

摘要：为揭示猪肌分化因子(myogenic differentiation 1,MyoD1)基因启动子区多态性,本试验分别以野猪×从江香猪二元杂交猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用DNA池和直接测序技术,筛选MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区SNP位点,利用生物信息学软件预测SNP位点对核心启动子区、CpG岛和转录因子结合位点的影响。结果表明,在MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区筛查到3个SNPs位点,分别为A-39G、T+150C和C+227G;生物信息学软件预测发现,A-39G位点附近出现重要转录因子结合位点消失和新位点生成;CpGIslandsearcher软件分析得到多态位点突变前后CpG岛大小及GC含量发生改变,据此推测猪MyoD1基因5'UTR区域的A-39G位点对调控启动子功能元件有重要影响。

关键词：MyoD1基因')">MyoD1基因;SNP;启动子;生物信息学

基金资助：贵州省工程中心建设项目(黔科合农C字[2011]4022号)