京海黄鸡腹脂重性状的全基因组关联分析

来源：中国畜牧兽医杂志2016年第5期北京时间：

作者：段炼, 王文浩, 李婷婷, 王金玉, 韩昆鹏, 王永娟

单位：1. 扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225009;2. 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室, 扬州 225009;3. 宜春学院生命科学与环境资源学院, 宜春 336000;4. 江苏京海集团, 南通 226103

摘要：试验旨在揭示京海黄鸡腹脂重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡腹脂重性状改良的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为研究对象,测定屠宰时的腹脂重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联研究(GWAS),检测与腹脂重相关的SNPs位点。结果显示,共检测到5个在全基因组水平上与腹脂重存在潜在显著关联的SNP位点(P<1.1×10-5),并且4个处于染色体水平显著,分别为rs18144674、rs18144680、rs12246236、rs12257795。其中rs18144674、rs18144680、rs19745739位于2号染色体上一个1.6Mb区域内,rs12246236、rs12257795位于14号染色体上1个12kb区域内。筛选这2个区域0.1Mb范围内的基因,共找到11个可能的候选基因,分别为VIM、TRDMT1、AXIN1、PDIA2、ARHGDIG、gga-mir-1763、gga-mir-1564、CLCN7、ECL1、DNASE1和SDOS基因。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断出这些基因可能为影响京海黄鸡腹脂重性状的候选基因。

关键词：简化基因组测序;京海黄鸡;腹脂重;全基因组关联分析

基金资助：国家肉鸡产业技术体系(nycytx-42-G1-05);江苏高校优势学科建设工程;江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室