绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析

来源：中国畜牧兽医杂志2016年第6期北京时间：

作者：管毓渝, 廖荣荣, 王振, 赵静, 陈振亮, 张哲, 肖倩, 孙浩, 王起山, 张向喆, 杨长锁, 潘玉春

单位：1. 上海交通大学农业与生物学院, 上海 200240;2. 上海市兽医生物技术重点实验室, 上海 200240;3. 上海市农业科学院畜牧兽医研究所, 上海 201106

摘要：本研究旨在分析绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因,将已鉴定的microRNA与预测microRNA组成全基因组的microRNA,并通过与GGRS得到的两种鸡群体SNP位点进行映射,挖掘含SNP的microRNA。利用生物信息学的方法,对含SNP的microRNA进行靶基因预测,并对直接含有SNP的mature-microRNA进行聚焦。将这些靶基因进行富集,一共得到22个GO分类和10条KEGG信号通路与3个主要IPA调控网络,发现其在与生长相关的mTOR信号通路、Wnt信号通路、生长激素受体网络、胰岛素样生长因子Ⅰ受体网络得到了富集,与产蛋性状相关的卵母细胞减数分裂信号通路、黄体酮卵母细胞成熟信号通路得到了富集。此研究方法和结果可以给后期研究提供参考。

关键词：绿壳蛋鸡;白来航蛋鸡;microRNA;SNP;靶基因预测;富集分析

基金资助：国家自然基金:运用高通量富集测序技术研究绿壳蛋鸡繁殖性状和蛋品质的遗传机制(31101706);农业部948项目:基于基因组简化与二代测序的基因判型技术引进及猪、牛、鸡相应技术的创新研发(2012-Z26);现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-41)