基于RNA-Seqs的乌苏里貉agouti基因结构特征预测及分子进化分析

来源：中国畜牧兽医杂志2016年第10期北京时间：

作者：张浩, 赵家平, 吴琼, 杨颖, 杜站宇, 郭跃跃, 邢秀梅, 徐超, 张林波

单位：1. 吉林农业大学, 长春 130118;2. 中国农业科学院特产研究所, 农业部特种经济动物遗传育种与繁殖重点实验室, 吉林省特种经济动物分子生物学省部共建国家重点实验室, 长春 130112

摘要：为了进一步分析agouti基因的分子结构特征，利用生物信息学方法对RNA-Seqs试验获得乌苏里貉agouti基因的完整编码区序列的碱基组成及其编码蛋白的结构特征进行了预测和分析，并采用非对组算数平均法（UPGMA）法构建系统发育树。结果表明，获得的乌苏里貉agouti基因cDNA长度为530 bp，含396 bp开放阅读框（ORF），编码131个氨基酸。预测乌苏里貉agouti蛋白分子质量为14.41 ku，等电点（pI）为9.68，为不稳定疏水性蛋白；含有11个磷酸化位点、1个糖基化位点和1个长达24个氨基酸的信号肽；预测发现无规则卷曲为其主要二级结构。系统进化树结果显示乌苏里貉与赤狐、家犬遗传距离最近，这与传统的动物分类学一致。通过对乌苏里貉agouti基因分子结构特征的分析，为揭示其影响毛色多样性的分子遗传学机制提供理论依据。

关键词：貉;agouti基因')">agouti基因;agouti信号蛋白;生物信息学

基金资助：吉林省科技发展计划（20130206029NY）；中国农业科学院科技创新工程（ASTIP-ISAPS01）；农业部畜禽遗传资源重点实验室开放课题（nzdsys2013-3）