基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘

来源：中国畜牧兽医杂志2017年第2期北京时间：

作者：董新龙, 张向前, 韩昆鹏, 凌姣姣, 张跟喜, 王金玉, 王永娟

单位：1. 扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225009;2. 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室, 扬州 225009;3. 江苏京海集团, 南通 226103

摘要：鸡及许多物种的全基因组测序及相关基因图谱都已宣告完成，但由于注释方法的局限性，还存在许多遗漏的新基因及对现有基因的误差注释。RNA-Seq技术是基于第2代测序技术的转录组学研究方法，该研究利用高通量测序技术对8只（高产组4只、低产组4只）300日龄体重一致、饲养条件相同、产蛋数存在差异的京海黄鸡的卵巢组织所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序，通过分析RNA-Seq获得的京海黄鸡卵巢组织转录组数据，共发现4 431个新转录本，并将所有新转录本与GO、NR、Swiss-Prot、KEGG数据库进行比对和分析，发现了很多潜在的新基因并进行功能注释，为鸡基因组的进一步完善及功能基因的挖掘提供了数据基础。

关键词：转录组测序;京海黄鸡;新转录本;新基因;功能注释

基金资助：国家肉鸡产业技术体系（nycytx-42-G1-05）；江苏高校优势学科建设工程；江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室