水牛瘦素受体基因密码子使用偏好性分析

来源：中国畜牧兽医杂志2017年第4期北京时间：

作者：范新阳, 欧阳依娜, 王鹏武, 张永云, 滕晓红, 苗永旺

单位：1. 云南农业大学动物科学技术学院, 昆明 650201;2. 云南省大理州家畜繁育指导站, 大理 671000;3. 云南农业大学, 农科专业基础实验教学示范中心, 昆明 650201

摘要：试验选取27头河流型水牛和41头沼泽型水牛，以从NCBI数据库中下载的家牛、野牦牛、野牛、绵羊、山羊、小鼠和人的序列作对照，对编码瘦素受体（leptin receptor，LEPR）基因的密码子偏好性及水牛与其他物种间密码子使用的差异和进化关系进行了深入分析。结果发现，所有的密码子在河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因中均有使用，两种类型水牛偏好使用的密码子有28个，其中使用偏好性较强的密码子为AGA（RSCU≥2），表明河流型水牛和沼泽型水牛LEPR基因密码子使用特征相似。水牛及参考物种LEPR基因均偏好使用以A/U结尾的密码子，但水牛与其他参考物种间偏好使用密码子的种类和数目有差异。密码子使用偏好聚类分析表明，河流型水牛与沼泽型水牛亲缘关系最近，先聚为一类，然后与家牛、野牦牛和野牛聚为一类，再与绵羊、山羊、小鼠和人等物种聚为一类。在密码子使用频率上，河流型水牛LEPR基因与酵母密码子偏好性差异小于与大肠杆菌和小鼠密码子偏好性差异，从而揭示酵母更适合作为水牛LEPR基因的外源表达系统。

关键词：河流型水牛;沼泽型水牛;LEPR基因')">LEPR基因;密码子使用偏好性

基金资助：国家自然科学基金项目（31460582、30660024）；云南省应用基础研究重点项目（2014FA032、2007C0003Z）