猪源大肠杆菌O157∶H7毒力差异株的转录组测序分析

来源：中国畜牧兽医杂志2017年第6期北京时间：

作者：彭昊, 李军, 杨威, 陈泽祥, 潘艳, 冯世文, 曾芸

单位：1. 广西兽医研究所, 南宁 530001;2. 广西兽医生物技术重点实验室, 南宁 530001;3. 广西大学动物科学技术学院, 南宁 530005

摘要：为了解大肠杆菌O157∶H7毒力差异株转录组差异，丰富O157∶H7转录组数据信息，本研究采用Illumina HiSeqTM 2000平台对两株大肠杆菌O157∶H7毒力差异株进行高通量测序，测序数据采用测序评估、基因功能注释等生物信息学方法进行分析。结果发现，经过测序，两个菌株分别获得3 113 118和2 944 912条reads，比对到参考基因组上的reads分别占总reads的83.76%和78.97%。以中等毒力株为参考，在高毒力株中共获得941个差异表达基因，其中上调基因637个，下调基因304个。GO功能注释分析表明，差异表达基因主要与催化活性功能、黏附、转运活性、受体活性、酶调节活性、定位、生化调节、运动等诸多生理生化过程相关；KEGG富集分析发现共有425个基因注释到160个代谢通路中，其中新陈代谢、核糖体、鞭毛合成、嘧啶代谢、糖类代谢、细菌趋化等通路显著富集。此次通过大肠杆菌O157∶H7毒力差异株转录组研究对差异表达基因涉及的信号调控及可能的功能基因进行了探索，丰富了转录组信息，为进一步开展大肠杆菌O157∶H7毒力相关基因的研究及分子调控机制奠定了基础。

关键词：大肠杆菌O157∶H7;转录组;GO分类;KEGG通路

基金资助：广西科技厅攻关项目（桂科攻0719004-3C）；广西畜禽疫苗新技术重点实验室专项（14-045-31-B-4）