粤北地区新生仔猪腹泻病原学调查及PEDV ORF3基因分子特征和遗传变异分析

来源：中国畜牧兽医杂志2017年第6期北京时间：

作者：南文金, 胡鸿惠, 吴静波, 黄健强, 彭国良, 肖正中

单位：1. 韶关学院动物疫病实验室, 韶关 512005;2. 粤北生猪生产及疫病防控协同创新发展中心, 韶关 512005;3. 韶关学院英东农业科学与工程学院, 韶关 512005

摘要：为了解粤北地区新生仔猪腹泻病的主要病原，本试验采用实时荧光定量RT-PCR方法对2015年粤北地区6个规模化猪场31份新生仔猪腹泻样品进行了猪流行腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）和猪轮状病毒（PoRV）检测，并对5株PEDV流行毒株ORF3基因进行测序分析。病原检测结果显示，83.87%（26/31）样品为PEDV阳性，没有检测到TGEV和PoRV阳性样品。对PEDV ORF3基因序列分析结果显示，5个流行毒株ORF3基因全长均为675 bp，相互之间核苷酸同源性为98.7%~100.0%，与参考序列同源性为94.5%~100.0%，多个核苷酸位点发生了共同突变。系统进化树分析结果表明，PEDV可分为两个基因群，粤北地区流行的PEDV与2013-2015年间在中国部分地区、东南亚、北美洲和欧洲流行的PEDV遗传关系较近，位于基因1群中的同一个亚群，而2011-2012年中国流行的PEDV主要毒株及疫苗毒株则归类于另外两个基因亚群。结果表明，粤北地区新生仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的，PEDV基因随着时间推移呈现不断进化和变异趋势。

关键词：新生仔猪腹泻;病原学;猪流行性腹泻病毒;ORF3基因')">ORF3基因;遗传变异

基金资助：广东省科技计划项目（2016A040402038、2013B020306008）；广东省现代农业科技创新联盟建设项目（2016LM1141）；韶关市科技计划项目（2013CX/N09）；韶关学院校级科研项目（SY2016KJ24）