中国地方猪种线粒体基因组遗传多样性及其系统发育分析

来源：中国畜牧兽医杂志2017年第8期北京时间：

作者：胡慧艳, 贾青, 刘津, 侯胜奎, 赵思思, 张伟峰

单位：1. 河北农业大学动物科技学院, 保定 071000;2. 国家北方山区农业工程技术研究中心, 保定 071000;3. 河北省山区农业工程技术研究中心, 保定 071000;4. 河北工程大学生命科学与食品工程学院, 邯郸 056000

摘要：为从分子水平上探究中国地方猪种遗传多样性和分类地位，本试验采用生物信息学方法比较了6个类型共22个中国地方猪种的线粒体基因组全序列，分析了其多态性，并构建了6个类型猪种线粒体D-loop区单倍型的网络中介图以及基于线粒体D-loop序列、Cytb基因、完整编码区序列的系统进化树。结果表明，6个类型22个猪种中共检测到了144个多态位点，22种单倍型，说明地方猪种具有丰富的遗传多样性；地方猪线粒体基因组序列中核苷酸变异以转换为主，且Ti/Tv大于转换/颠换比临界值（2.0），变异位点均符合中性突变。6个类型猪种间遗传距离均较小，且有共享单倍型。系统进化树结果表明，6种类型地方猪种主要聚为两个支系。表明线粒体D-loop序列及Cytb基因均可作为研究种内系统发育、起源进化的分子标记。

关键词：中国地方猪;线粒体DNA;遗传多样性;系统进化

基金资助：河北省现代农业产业技术体系专项（HBCT2013070202）