静原鸡let-7a-5p的靶基因预测及组织表达分析

来源：中国畜牧兽医杂志2022年第10期北京时间：

作者：邓占钊, 禹保军, 曹国伟, 张娟, 石永宏, 胡伟龙, 仇秀玲

单位：1. 彭阳县畜牧技术推广服务中心, 固原 756599;2. 宁夏大学农学院, 银川 750021;3. 宁夏九三零生态农牧有限公司, 银川 750021

摘要：【目的】了解let-7a-5p的生物学信息,初步探索其在静原鸡肌肉组织中的功能作用。【方法】利用生物信息学方法对转录组测序获得的静原鸡let-7a-5p的成熟序列进行保守性分析,使用miRDB、TargetScan和miRanda在线软件预测let-7a-5p的靶基因,取其交集进行GO功能和KEGG通路富集分析,并利用实时荧光定量PCR检测let-7a-5p在静原鸡公鸡和母鸡各组织中的表达水平。【结果】let-7a-5p的成熟序列在各物种间高度保守,共预测得到38个基因集合。在生物过程、细胞组分和分子功能中靶基因富集较多的GO条目有细胞过程、生物调节、细胞、结合和催化活性;靶基因显著富集于聚酮糖单元生物合成、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解、TGF-β信号通路和加压素调节的水重吸收信号通路,且富集最多的是代谢途径、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症中的作用、泛素介导的蛋白水解和MAPK信号通路。let-7a-5p-靶基因互作主要通过作用于靶mRNA的3'-UTR抑制表达或使其降解。组织表达发现,let-7a-5p在静原鸡公、母鸡的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌和腿肌组织中均有表达,且在胸肌和腿肌中表达量均较高。【结论】let-7a-5p可能靶向调节靶基因的表达,从而参与静原鸡肌肉生长发育,为进一步探究let-7a-5p的功能和作用机制提供理论依据。

关键词：静原鸡;let-7a-5p;靶基因;生物信息学;组织表达谱

基金资助：宁夏回族自治区重点研发计划项目"宁夏静原鸡种质资源发掘及产业化配套关键技术研究与示范"(2022BBF02034)