鸭产蛋量相关遗传变异和功能基因筛选及鉴定

来源：中国畜牧兽医杂志2022年第11期北京时间：

作者：陶志云, 朱春红, 刘宏祥, 施祖灏, 章双杰, 徐文娟, 宋卫涛, 王志成, 李慧芳

单位：1. 江苏省家禽科学研究所, 扬州 225125;2. 谱尼测试集团江苏有限公司, 苏州 215000

摘要：【目的】 通过高通量混池重测序和选择清除分析比较鸭不同产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP和基因差异，以筛选和鉴定出鸭产蛋量相关的遗传变异位点和功能基因，为通过分子遗传育种手段提高鸭产蛋性能提供依据。【方法】 根据金定鸭群体开产后150 d内个体产蛋量情况，选择2种极端表型，分为高产蛋组（CH）和低产蛋组（CL）。基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选不同鸭产蛋量组间基因组显著差异区域内的SNP及相关功能基因，通过单个样本PCR扩增子测序对筛选的产蛋量相关SNP进行验证，对筛选的候选基因进行GO功能和KEGG通路富集分析，确定候选基因参与的最主要生化代谢途径和信号转导途径，并分析不同基因型间产蛋量高低差异。【结果】 在低产蛋量组和高产蛋量组分别获得192 071 438和229 836 820条的clean reads，共定位到的SNP差异极显著区间为1 368个，受选择候选基因为214个，而且这些区间和基因主要位于Z号染色体，主要包括KDM4C、LURAP1L、PTCH1、PRUNE2、TRPM3和VPS13AD等基因。验证结果表明重测序结果准确。GO功能分析表明，受选择基因在分子功能、细胞组分和生物过程3个本体中均有富集。KEGG通路富集分析表明，受选择基因主要富集到代谢途径、肌动蛋白骨架调节、真核生物核糖体发生等信号通路。鉴定出候选基因KDM4C上Z-28286537、Z-28286879、Z-28288421、Z-28434122和Z-28436368位点，LURAP1L基因上Z-30802227位点、TRPM3基因上Z-36500134、Z-36503668、Z-36534782、Z-36684262、Z-36710928和Z-36732487位点，VPS13A基因上Z-37498270和Z-37513004位点，PTCH1基因上Z-41510597位点显著影响鸭的产蛋量（P<0.05）。【结论】 鸭Z号染色体上存在多个与鸭产蛋量显著相关的SNPs位点及相关基因，本研究结果为通过分子遗传育种手段提高蛋鸭产蛋性能提供了依据。

关键词：鸭;产蛋量;遗传变异;功能基因

基金资助：重大品种创制项目子课题（PZCZ201736）；江苏省现代农业（水禽）产业技术体系（JATS[2022]404）；国家家养动物种质库（2022）