鸡Wnt基因家族生物信息学分析及表达

来源：中国畜牧兽医杂志2023年第1期北京时间：

作者：李欣燃, 张青艳, 查玮薇, 朱淼

单位：六盘水市师范学院生物科学与技术学院, 六盘水 553004

摘要：【目的】试验旨在对鸡Wnt基因家族进行全面系统地调查分析，并进一步明确鸡感染新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）后Wnt基因家族成员的表达模式。【方法】基于鸡基因组测序结果，通过查询Pfam和UniPort数据库获取鸡Wnt基因家族全基因组序列，构建系统进化树，分析Wnt蛋白理化性质、亚细胞蛋白定位、染色体分布、保守结构域等，并进一步研究鸡感染NDV后Wnt基因家族成员的表达模式。【结果】试验共鉴定到39个鸡Wnt基因家族成员。系统进化树分析发现，鸡与人和鼠的Wnt成员相似性较高，均有12个亚家族，即Wnt1、Wnt2（Wnt2a和Wnt2b）、Wnt3a、Wnt4、Wnt5（Wnt5a和Wnt5b）、Wnt6、Wnt7（Wnt7a和Wnt7b）、Wnt8（Wnt8a和Wnt8b）、Wnt9（Wnt9a和Wnt9b）、Wnt10a、Wnt11及Wnt16成员，但鸡缺少Wnt10b。鸡Wnt成员分布于11条染色体上，分别为Chr1、Chr2、Chr4、Chr6、Chr7、Chr12、Chr13、Chr21、Chr26、Chr27和Chr34，成员间出现14次串联重复，且无节段重复出现。39个鸡Wnt成员中共识别出10个保守基序，其3'-端较为保守，除rna-XM_040653060.2（Wnt6）和rna-XM_040650634.2（Wnt5a）外，其余成员3'-端均由基序2和5组成；39个鸡Wnt家族成员均含保守区域，即基序1和3。转录组数据分析结果表明，鸡在感染NDV过程中Wnt7a表达量显著上调。【结论】鸡Wnt基因家族成员在染色体上呈现非均匀分布，其基因结构较为保守，且串联重复是Wnt基因家族成员的主要扩增方式。Wnt7a可能与Wnt调节巨噬细胞参与微生物感染过程密切相关。

关键词：鸡;Wnt基因家族')">Wnt基因家族;生物信息学;表达

基金资助：贵州省高校青年科技人才成长项目（黔教合KY字[2022]060）；六盘水市师范学院科技创新团队项目"分子生物学与生物化学科技创新团队"（LPSSYKJTD201602）