广东及周边省份猪繁殖与呼吸综合征病毒2型谱系8毒株变异规律和传播研究

来源：中国畜牧兽医杂志2023年第5期北京时间：

作者：康溥, 任照文, 蔡汝健, 吕宗吉, 黄育浩, 王晓虎

单位：1. 广东省农业科学院动物卫生研究所, 广东省畜禽疫病防治研究重点实验室, 广东省动物疫病 野外科学观测研究站, 广州 510640;2. 佛山科学技术学院, 佛山 528231;3. 东莞市动物疫病预防控制中心, 东莞 523128

摘要：【目的】使用贝叶斯系统动力学方法重建猪繁殖与呼吸综合征病毒2型(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus 2,PRRSV-2)谱系8毒株在广东、广西、湖南、江西和福建5个省份间的传播及遗传演化规律,为猪繁殖与呼吸综合征(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)的针对性防控提供参考。【方法】本研究对来自上述5省所有可用的PRRSV-2的ORF5序列进行系统发育分析,选取其中的谱系8毒株,剔除重组序列及可疑序列。将空间数据结合病原体的进化与流行病学特征进行分析,利用BEAST及相关软件计算病毒的共同祖先、核苷酸替代速率及不同地理位置间可能的传播方向和迁移速率等。【结果】系统发育分析显示,南方5省猪群中流行的PRRSV-2被分为4个谱系,其中154株被鉴定为谱系8毒株。在剔除1株重组毒株和3株可疑毒株后,来自上述5省的谱系8毒株ORF5序列具有强烈的时间信号,且最佳拟合模型为GTR＋I＋G。贝叶斯系统动力学分析表明,5省间谱系8毒株具有2.748×10-3核苷酸替换/位点/年(95% HPD:2.053×10-3~3.428×10-3)的核苷酸替代速率,它们的最近共同祖先可能出现在2002年(95% HPD:1998-2005年)。据SPREAD3计算,广西的毒株向广东(Rate=0.876)、湖南(Rate=0.892)、江西(Rate=0.883)、福建(Rate=0.889)传播,以及部分福建毒株向广西(Rate=0.897)传播。【结论】自2005年以来,广东、广西、湖南、江西和福建5省猪群中流行的PRRSV-2具有丰富的遗传多样性,其中谱系8毒株具有较高的核苷酸替代速率,且有效种群大小在2006－2007年和2009－2013年明显上升。同时,广东、广西、湖南、江西和福建5省谱系8毒株的最近共同祖先可追溯至2002年,且以广西作为潜在发源地在该地区持续传播。

关键词：猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV);分子流行病学;贝叶斯系统动力学;系统地理学

基金资助：广东省自然科学基金项目(2020A1515011112);广东省科技应急防控专题项目(20190211);广东省科技计划项目(2021B1212050021)