静原鸡DERA基因生物信息学分析及组织表达研究

来源：中国畜牧兽医杂志2023年第5期北京时间：

作者：王浩睿, 禹保军, 杨嘉翊, 魏榕, 付希, 王川川, 张迪, 李德生, 蔡正云, 顾亚玲, 张娟

单位：宁夏大学农学院, 银川 750021

摘要：【目的】分析2-脱氧-D-核糖-5-磷酸醛缩酶(2-deoxyriboaldolase,DERA)CDS区序列特征及其在静原鸡不同组织和不同生长发育时期的表达水平,为进一步研究DERA基因在静原鸡肌肉中的调控机制提供参考。【方法】以42日龄静原鸡胸肌cDNA为模板,克隆DERA基因完整CDS区,测序并进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测DERA基因在静原鸡不同生长发育阶段(7、42、126、180日龄)胸肌、腿肌和42日龄不同组织(心脏、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、胸肌和腿肌)中的表达水平。【结果】静原鸡DERA基因CDS区全长699 bp,编码232个氨基酸,与环颈雉的相似性最高,为99.1%,表明DERA蛋白氨基酸序列在进化过程中保守性较高。DERA属于稳定蛋白,平均亲水系数为0.175,属于疏水性蛋白;存在跨膜结构,没有信号肽,属于跨膜蛋白。蛋白结构域是一种deoC/LacD家族醛缩酶域,二级结构包含α-螺旋、延伸链和无规则卷曲。蛋白互作网络分析表明,DERA蛋白与PGM2、TPI1、TKT等蛋白存在互作关系。DERA基因在静原鸡肾脏、胸肌、腿肌、心脏、肝脏、肺脏、脾脏中均有表达,其中在肾脏和胸肌中的表达量较高,均显著高于其他组织(P＜0.05);在肺脏和脾脏中的表达量较低,均显著低于其他组织(P＜0.05);DERA基因在7日龄胸肌和腿肌组织中的表达量均显著高于42、126和180日龄(P＜0.05)。【结论】试验成功获得静原鸡DERA基因完整CDS区序列,该基因在静原鸡不同生长发育阶段胸肌和腿肌中的表达量以7日龄最高,且在42日龄静原鸡不同组织中以肾脏和胸肌中的表达量较高。结果为进一步研究DERA基因在静原鸡肌肉发育中的作用机制提供参考。

关键词：静原鸡;DERA基因')">DERA基因;生物信息学;表达

基金资助：2022年宁夏回族自治区重点研发计划项目"静原鸡种质资源发掘及产业化配套关键技术研究与示范"(2022BBF02034)