海兰褐壳蛋鸡小黄卵泡颗粒细胞全长转录组测序分析

来源：中国畜牧兽医杂志2023年第5期北京时间：

作者：片慧芳, 杜旭彬, 李妍, 张雨辰, 刘斐, 虞德兵

单位：1. 南京农业大学动物科技学院, 南京 210095;2. 南京农业大学动物医学院, 南京 210095

摘要：【目的】获取鸡小黄卵泡颗粒细胞(granulosa cells of small yellow follicle,SYFG)全长转录组数据,为深入挖掘鸡卵泡发育内在分子调控信息提供参考。【方法】采用PacBio高通量测序平台,对海兰褐壳蛋鸡SYFG进行测序、过滤、聚类和矫正原始数据,获取全长转录本序列。通过生物信息学软件对全长转录本数据进行功能注释、转录因子注释、编码区序列(coding sequence,CDS)预测、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)预测筛选、简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)检测及可变剪接(alternative splicing,AS)和选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)分析。【结果】通过测序共获得52 311条海兰褐壳蛋鸡SYFG全长转录本,长度主要分布于1~3 500 bp。通过与GO、KEGG、COG、NR、Swiss-Prot和Pfam数据库比对,对转录本序列进行注释,其中GO数据库注释了26 525条转录本,KEGG数据库注释了25 233条转录本,COG数据库注释了31 303条转录本,NR数据库注释了34 284条转录本,Swiss-Prot数据库注释了30 701条转录本,Pfam数据库注释了24 622条转录本。此外,经鉴定或预测,还获得了559个转录因子、40 944个CDS、14 699个lncRNAs、7种类型的SSR、28 423个AS和2 747个APA事件。【结论】本研究获得了鸡SYFG全长转录组测序数据,提升了转录本的数量和长度,完善了转录本的功能注释,分析了AS和APA事件的类型,揭示了转录本的复杂性,为进一步从转录组水平解析鸡卵泡发育的分子调节机制提供数据支持。

关键词：海兰褐壳蛋鸡;小黄卵泡颗粒细胞(SYFG);三代测序;卵泡发育

基金资助：江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(22)3196)