3种猪冠状病毒N基因密码子偏好性及宿主适应机制研究

来源：中国畜牧兽医杂志2023年第6期北京时间：

作者：孙守湖, 陈志飞, 郭智轩, 俞婷, 王修武, 李松倍, 魏文康, 贺东生

单位：1. 华南农业大学兽医学院, 广东省动物源性人兽共患病预防与控制重点实验室, 广州 510642;2. 广东省农业科学院农业生物基因研究中心, 广州 510640;3. 岭南现代农业科学技术广东省实验室肇庆分中心, 肇庆 526238

摘要：【目的】研究猪流行性腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪丁型冠状病毒（PDCoV）的N基因密码子偏好性差异及其影响因素。【方法】从GenBank数据库中下载上述3种猪冠状病毒（PoCoV）的全基因组序列，通过EMBOSS explorer、CALcal、DAMBE及CodonW等网站及软件计算有效密码子数（ENC）、相对同义密码子使用度（RSCU）等参数并进行ENC绘图、奇偶偏好性和中性绘图分析等。【结果】3种猪冠状病毒的N基因序列的ENC分布在48.99~54.96，其中PEDV、TGEV和PDCoV的ENC分别为53.74±0.61、50.09±0.88和0.72±0.65；RSCU分析显示，3种猪冠状病毒N基因偏好的密码子各不相同，但一般都偏好以U结尾；ENC绘图分析显示，3种猪冠状病毒的N基因数值点均位于标准曲线下方位置；奇偶偏好性分析显示全部散点位于y=0.5以下，且矢量向左下侧偏倚；中性绘图分析显示，3种病毒N基因绘图分析中回归曲线的斜率均接近0。3种猪冠状病毒的S和N基因在牛、猪、犬、人、鸡中的CAI值逐渐增高，RCDI值逐渐降低并接近于1。【结论】PEDV、TGEV、PDCoV的N基因密码子偏好性存在差异且密码子偏好性均较弱，3种猪冠状病毒的N基因表现为"CpG二核苷酸缺失"；自然选择作用是这3种猪冠状病毒N基因密码子偏好性形成的主要进化压力；人、猪、鸡3种宿主均适合3种猪冠状病毒的N基因表达，且PDCoV的S和N基因均更适合在鸡中表达。

关键词：猪流行性腹泻病毒;猪传染性胃肠炎病毒;猪丁型冠状病毒;N基因')">N基因;密码子偏好性

基金资助：广东省科技计划（P20211154-0302）；广东省自然科学基金（2021A1515011072）；广东省农业科学院项目（202131TD）；广东省现代农业产业技术体系专项（2019KJ119）