ETEC感染猪小肠上皮细胞初期差异表达cricRNA的筛选

来源：中国畜牧兽医杂志2023年第9期北京时间：

作者：朱凯晴, 朱悦, 刘迎迎, 崔亚男, 蒋秉妤, 李妍

单位：河北农业大学动物医学院, 保定 071001

摘要：【目的】分析产肠毒素大肠杆菌(enterotoxigenic Escherichia coli,ETEC)感染猪小肠上皮细胞(IPEC-J2)初期宿主细胞内环状RNA(circularRNA,circRNA)的表达谱变化,并探究其调控机制。【方法】采用Illumina PE150测序平台对ETEC感染IPEC-J2细胞进行转录组测序,利用生物信息学在线软件筛选出差异表达circRNAs,经过GO功能和KEGG通路富集分析筛选出ETEC感染相关circRNAs,用IRESfinder和PFAM 33.1软件进行circRNAs编码潜能预测;随机挑选5个差异表达circRNAs,用实时荧光定量PCR验证circRNAs表达情况及核糖核酸酶R(RNase R)消化结果。【结果】转录组测序结果显示,共获得201个差异表达circRNAs,其中95个表达上调和106个表达下调。GO功能富集分析表明,ETEC感染初期circRNAs来源基因主要影响细胞形态、细胞代谢和泛素蛋白连接酶活性等功能。KEGG通路富集分析显示,circRNAs可能参与氨基酸代谢途径、泛素介导的蛋白质水解通路、黏合连接和肌动蛋白细胞骨架调节等信号通路。circRNAs编码潜能预测发现4个具有编码潜能的circRNAs,其中novel_circ_0009996和来源基因TNFAIP3共同富集在NF-κB和TNF信号通路。实时荧光定量PCR结果显示,5个circRNAs的表达水平与测序结果一致,差异表达circRNAs均为环状RNA分子,测序结果准确可靠。【结论】ETEC感染IPEC-J2细胞初期差异表达circRNAs和其来源基因主要参与炎症反应、基因表达的转录后调控、细胞免疫过程、细胞骨架、细胞增殖和凋亡等相关生物过程,其中novel_circ_0009996具有编码潜能,主要富集在NF-κB和TNF信号通路。研究结果为深入探究circRNA在ETEC感染初期的调控机制提供理论基础。

关键词：产肠毒素大肠杆菌(ETEC);猪小肠上皮细胞;circRNA;感染

基金资助：国家自然科学基金青年科学基金项目(32202803)