大白猪仔猪感染流行性腹泻病毒后空肠转录组学变化研究

来源：中国畜牧兽医杂志2023年第10期北京时间：

作者：李慧慧, 张美美, 元娜, 张龙超, 王立贤, 石丽君

单位：1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;2. 北京大伟嘉生物技术股份有限公司, 北京 100085

摘要：【目的】猪流行性腹泻(porcine epidemic diarrhea,PED)的广泛流行给猪场造成了严重损失。现有疫苗对其变异毒株的防控作用非常有限,从宿主角度筛选的有效免疫相关分子标记仍然缺乏。本研究旨在鉴定感染和未感染猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的大白猪仔猪空肠组织差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),为PEDV致病机制研究奠定基础。【方法】以8头未吃初乳的0日龄大白猪为试验动物,使用人工乳饲喂至3日龄,随机挑选4头进行攻毒(感染组),其余4头作为对照组。收集感染后死亡及对照组仔猪的空肠组织进行转录组测序。通过差异表达分析筛选与病毒复制及机体免疫应答相关的基因,对DEGs进行GO功能和KEGG通路注释,并随机挑选5个DEGs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】通过对测序数据质控、比对等分析共鉴定到16 256个蛋白编码基因(protein coding genes,PCGs),通过差异分析鉴定到1 328个DEGs,其中629个表达上调,699个表达下调。GO功能和KEGG通路富集分析显示,上调的DEGs显著参与了106个的GO条目和36条KEGG通路,主要与有机体系统和环境信号过程有关;下调的DEGs显著参与了54个GO条目和23条KEGG通路,主要与代谢反应有关。通过对CCND2、CREBBP、EGFR、MCL1、PIK3CB进行实时荧光定量PCR检测发现,其表达趋势与转录组测序结果一致。【结论】本研究鉴定到1 328个DEGs,其中629个表达上调,699个表达下调,上调基因主要参与环境信息处理、有机体系统通路,下调基因主要参与代谢通路,为探究PEDV致病的分子机制提供了理论依据。

关键词：大白猪仔猪;猪流行性腹泻病毒(PEDV);转录组;功能富集

基金资助：国家重点研发计划(2021YFD1301101)；中国农业科学院科技创新工程(CAAS-ZDRW202006-04)；农业重大专项猪抗病育种与全基因组选育技术研究(2020JH1/10200003)