辽宁沈阳株猫泛白细胞减少症病毒VP2基因扩增及生物信息学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第1期北京时间：

作者：刘琪, 刘正伟, 梁琳, 张利, 郝春晖, 李玥, 赵福庆

单位：1. 辽宁农业职业技术学院, 营口 115009;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193

摘要：【目的】通过生物信息学方法分析1株2022年辽宁沈阳地区猫泛白细胞减少症病毒（Feline panleukopenia virus，FPV） LN3株VP2蛋白的分子特征。【方法】利用FPV胶体金试纸条对临床上表现呕吐、腹泻等症状的患病猫粪便进行检测，提取该病猫粪便的病毒DNA进行FPV VP2基因PCR扩增及测序，使用Seqman软件对序列进行拼接。将所获序列与NCBI数据库中FPV和犬细小病毒（Canine parvovirus，CPV）的VP2基因进行相似性比对及遗传进化分析。使用生物信息学软件对该毒株VP2蛋白进行预测，包括理化性质、亲/疏水性、跨膜区、糖基化位点、亚细胞定位、二级结构、三级结构等。【结果】FPV LN3株VP2基因全长1 755 bp，编码584个氨基酸；与GenBank上登录的15株FPV同属一个大分支，相似性为98.9%~99.7%；与CPV处于不同分支上。生物信息学软件预测显示，FPV LN3株VP2蛋白为亲水性蛋白，无跨膜结构；含有7个潜在N-糖基化位点、86个O-糖基化位点和50个磷酸化位点；VP2蛋白在细胞质、细胞核、线粒体中的可能性分别为43.5%、34.8%和21.7%；VP2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、延伸链、β-转角分别占61.82%、8.90%、24.32%及4.97%，三级结构预测结果与其一致；VP2蛋白共有20个抗原表位。【结论】VP2是FPV遗传变异的关键基因，FPV LN3株VP2蛋白属于亲水性、非跨膜稳定蛋白，共存在20个抗原表位。试验结果为进一步研究FPV VP2蛋白功能及研发新型疫苗提供理论依据。

关键词：猫泛白细胞减少症病毒;VP2基因')">VP2基因;生物信息学;蛋白结构

基金资助：辽宁省自然科学基金项目-营口联合基金（2021-YKLH-11）；辽宁农业职业技术学院2021年院级科研项目（Lnz50）