乌苏里貉MC3R基因密码子偏好性分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第4期北京时间：

作者：李鑫, 李伟, 刘洁, 程静然, 刘进军, 王朋然, 韩学良, 任二军, 邓露芳, 宗文丽

单位：1. 石家庄市农林科学研究院, 石家庄 050041;2. 河北省毛皮动物养殖技术创新中心, 石家庄 050041;3. 北京三元种业科技有限公司饲料分公司, 北京 101105

摘要：【目的】明确乌苏里貉黑素皮质素受体3(melanocortin 3 receptor,MC3R)基因密码子使用偏好特征和影响因素,了解不同物种间遗传进化和密码子偏好性的关系,为开展MC3R基因异源高效表达研究提供理论依据。【方法】以乌苏里貉和其他15个物种的MC3R基因CDS序列为材料,应用Codon W、EMBOSS等软件分析MC3R基因密码子偏好性的6个参数指标;通过Neutrality-plot、ENc-plot及PR2-plot分析探究密码子偏好性形成的影响因素;基于各物种MC3R基因CDS序列信息构建系统发育树,基于同义密码子相对使用度(RSCU)构建不同物种的密码子使用偏好性热图。【结果】乌苏里貉MC3R基因密码子GC和GC3s均＞0.5,密码子偏好使用以G/C结尾;偏好使用的密码子有25个(RSCU值＞1),其中16个以C结尾,9个以G结尾。经Neutrality-plot、ENc-plot及PR2-plot分析得出,自然选择是MC3R基因密码子使用偏好形成的主要影响因素。基于基因序列和RSCU值的聚类分析显示,在系统进化上乌苏里貉与犬属同一分支,后与赤狐、北极狐聚为一支;但在密码子使用上乌苏里貉与人、黑猩猩及家马聚为一类。【结论】MC3R基因偏好使用以G/C结尾的密码子;自然选择是导致偏好性产生的主要影响因素;密码子使用虽具有种属特异性,但受其他因素影响亲缘关系相近的物种间密码子使用模式也会有差异。

关键词：乌苏里貉;MC3R基因')">MC3R基因;密码子偏好性;自然选择

基金资助：河北省重点研发计划项目(21326357D);石家庄市财政预算专项