不同日龄白羽王鸽胸肌中lncRNA和mRNA功能分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第5期北京时间：

作者：张弛, 刘超, 王一曼, 苗冬枝, 陈静, 王莹, 杨海明, 王志跃

单位：扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225009

摘要：【目的】分析不同日龄乳鸽胸肌发育的差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA,确定影响乳鸽生长发育的关键候选基因,探究乳鸽生长发育的分子机制,为促进乳鸽生长发育的研究提供理论基础。【方法】乳鸽于1(D1)、7(D7)、14(D14)和25(D25)日龄分别称重,随后在D7和D25时进行屠宰,利用RNA-Seq技术对所选日龄白羽王鸽胸肌的lncRNA进行测序并预测其靶基因,构建lncRNA-mRNA互作网络,对筛选的差异表达lncRNA进行GO功能和KEGG通路富集分析,并利用实时荧光定量PCR验证测序结果的可靠性。【结果】乳鸽于7~14日龄日增重最快,25日龄乳鸽体重到达上市日龄。从构建的6个文库中共获得56 421个lncRNAs和30 208个mRNAs,其中2 335个lncRNAs差异表达,靶向1 553个mRNAs。lncRNA-mRNA调控网络显示,lncRNA与mRNA间存在相互调控。GO与KEGG分析结果显示,差异基因与GTpase活性等相关,差异lncRNAs及其靶基因主要富集在MAPK信号通路、骨骼肌组织发育、TGF-β信号通路、Notch信号通路等信号通路,关键lncRNAs可能通过这些信号通路调控乳鸽胸肌发育。其中LTCONS_00012834、LTCONS_00032767、LTCONS_00045211和LTCONS_00002003分别靶向XIRP1、PITX3、BMPR1B、MYLK4基因,发挥关键作用。实时荧光定量结果与高通量测序结果趋势一致,说明测序数据的可靠性。【结论】本研究共获得了2 335个差异表达lncRNAs和1 553个mRNAs,4个差异表达lncRNAs:LTCONS_00032767、LTCONS_00012834、LTCONS_00002003、LTCONS_00045211分别靶向与骨骼肌发育相关基因PITX3、XIRP1、MYLK4和BMPR1B,且这些基因受到多个lncRNA的调控。结果为阐明乳鸽胸肌生长发育的分子机制以及白羽王鸽的分子选育提供了理论基础。

关键词：白羽王鸽;胸肌;长链非编码RNA;mRNA

基金资助：国家自然科学基金面上项目(32372875)