广东部分地区鹅星状病毒的分离鉴定、全基因组测序及遗传进化分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第6期北京时间：

作者：喻复心, 吴斯宇, 余界石, 张晓爱, 俞婷, 董博, 李建波, 王蕾, 魏文康

单位：1. 新疆农业大学动物医学学院, 乌鲁木齐 830052;2. 广东省农业科学院农业生物基因研究中心, 猪禽种业全国重点实验室, 广州 510640

摘要：【目的】了解鹅星状病毒(Goose astrovirus,GAstV)在广东部分地区的流行及遗传变异情况,阐明其遗传进化与全基因组的特征,为GAstV的防控提供理论基础。【方法】使用GAstV特异性引物对2021―2022年广东地区养鹅场内出现疑似痛风的36份鹅病料进行PCR检测,选取4份具有代表性的GAstV强阳性样品,利用鹅细小病毒、坦布苏病毒、禽流感病毒、新城疫病毒的特异性引物进行检测,以排除病料中存在其他常见的外源性病毒;在此基础上利用鹅胚及鸡肝癌细胞系(leghorn male hepatoma,LMH)对4份GAstV样品进行病毒的分离和纯化,使用透射电镜对病毒粒子的形态进行观察;设计7对特异性引物对4株GAstV进行全基因组扩增和测序,运用DNAStar软件对序列进行整理与拼接以获取GAstV的全基因组序列,利用MegAlign软件进行核苷酸相似性比对,并对关键氨基酸位点的变异情况进行分析,应用Mega-X软件对全基因及单个ORF基因(ORF1a、ORF1b、ORF2)进行系统进化树构建。【结果】经PCR鉴定发现被检样品中共有30份是GAstV阳性,选取的4份代表性GAstV阳性样品均不存在其他外源性病毒感染,利用鹅胚及LMH细胞成功分离出了该4株GAstV病毒,并获得了4株全长均为7 131 bp的GAstV基因组序列,包括18 bp的5'-UTR和184 bp的3'-UTR、3个阅读开放框(ORF1a、ORF1b和ORF2基因),其中ORF1a、ORF1b和ORF2基因分别长3 255、1 551和2 115 bp,与报道的GAstV全基因组特征基本一致。相似性分析显示,4株GAstV之间的核苷酸相似性在99.4%~99.8%之间,与GenBank收录的其他19株GAstV的核苷酸相似在57.6%~99.6%之间。全基因组及3个ORF基因的遗传进化分析显示,获得的4株GAstV均属于GAstV-Ⅱ型。氨基酸序列分析显示,4株GAstV的氨基酸存在22处位置上的突变,其中ORF1a基因有8处突变,ORF2基因有14处突变。【结论】分离的4株GAstV均为GAstV-Ⅱ型毒株,与中国其他地区流行的基因型基本一致,该4株病毒的氨基酸突变主要发生在ORF1a和ORF2区域,为后续疫苗研发、流行病学调查及致病机理等方面提供参考依据。

关键词：鹅星状病毒;分离鉴定;全基因组测序;遗传进化分析;突变位点分析

基金资助：广东省基础与应用基础研究基金区域联合基金青年基金项目(21201910240003495);2023年度广州市农村科技特派员项目(SL2022E04J00405);2021年广东省乡村振兴战略专项资金("大专项+任务清单")项目;广东省农业科学院十四五学科团队项目(202110TD);广东省农科院人才引进项目第三层次优秀博士(R2021YJ-YB3026)