柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第6期北京时间：

作者：赵永, 杨齐心, 李维, 熊力, 杨红文, 王春源, 吴燕, 向进, 张依裕

单位：1. 贵州大学动物科学学院, 高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室, 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室, 贵州大学香猪研究所, 贵阳 550025;2. 贵州省畜禽遗传资源管理站, 贵阳 550001;3. 贵州省动物疫病预防控制中心, 贵阳 550001

摘要：【目的】研究角蛋白10(keratin 10,KRT10)基因多态性对柯乐猪繁殖性状的影响,以提高柯乐猪的繁殖力。【方法】以255头柯乐猪为研究对象,采用PCR产物测序、DANMAN序列比对软件及人工校对相结合的方法鉴定KRT10基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,利用SHEsis在线软件分析SNP位点的群体遗传特性,通过RNAfold在线工具对SNP位点进行生物信息学分析,使用SPSS 22.0软件中的一般线性模型分析KRT10基因SNP位点与柯乐猪繁殖性状的关联性。【结果】在柯乐猪KRT10基因中共鉴定到3个SNPs位点:第4内含子的g.21643703 C＞T和g.21643714 G＞A;第5外显子的g.21643741 G＞A。g.21643741 G＞A突变导致密码子由AAG突变为AAA,编码氨基酸均为赖氨酸(K),为同义突变,引起编码的mRNA二级结构发生改变。3个SNPs位点均检测到3种基因型,g.21643703 C＞T和g.21643741 G＞A属于中度多态位点(0.25＜PIC＜0.5),g.21643714 G＞A属于低度多态位点(PIC＜0.25)。g.21643703 C＞T和g.21643741 G＞A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),g.21643714 G＞A位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.05);3个SNPs位点间均不存在强连锁不平衡。KRT10基因3个SNPs位点共产生4种单倍型和10种双倍型。关联分析结果表明,g.21643703 C＞T位点对柯乐猪初生窝重、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P＜0.05);g.21643714 G＞A位点对柯乐猪总产仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P＜0.05);g.21643741 G＞A位点对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响均达到显著水平(P＜0.05)。双倍型H3H3对柯乐猪总产仔数、产活仔数、断奶仔数和断奶窝重的影响最明显。【结论】KRT10基因中存在的3个SNPs位点对柯乐猪繁殖性状有显著影响,其中H3H3为有利双倍型,可作为柯乐猪繁殖性状选择的遗传标记。

关键词：柯乐猪;KRT10基因')">KRT10基因;单核苷酸多态性(SNP);繁殖性状

基金资助：贵州省科技计划项目(黔科合平台人才[2021]5630号);贵州省科技支撑计划(黔科合支撑[2021]一般147);贵州省生猪产业技术体系建设(GZSZCYJSTX-03);贵州省生猪产业发展项目(黔财农[2021]157号、黔财农[2022]183号);贵州省种业发展项目(黔农计财[2022]10号);国家重点研发计划子课题(2022YFD1100308-01)