牛诺如病毒感染相关腹泻犊牛粪便菌群的特征分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第8期北京时间：

作者：赵清梅, 崔省委, 郭仕辉, 余永涛, 梁泰宇, 李欢语

单位：1. 北方民族大学生物科学与工程学院, 银川 750021;2. 宁夏大学动物科技学院, 银川 750021;3. 宁夏反刍动物分子细胞育种重点实验室, 银川 750021

摘要：【目的】比较哺乳期健康犊牛和感染牛诺如病毒(Bovine norovirus,BNoV)的腹泻犊牛粪便菌群多样性和物种组成,初步揭示BNoV感染的腹泻犊牛粪便菌群特征。【方法】首先应用PCR和RT-PCR法对健康和腹泻犊牛粪便中的腹泻相关病原进行检测,然后采用16S rRNA扩增子测序技术对病原检测阴性的健康犊牛粪便(H组)和仅BNoV检测阳性的腹泻犊牛粪便(BNoV组)的微生物多样性、菌群组成和功能进行比较分析。【结果】与H组相比,BNoV组粪便菌群操作分类单元(OTUs)数量和Chao1指数显著升高(P＜0.05),Shannon和Simpson指数极显著降低(P＜0.01)。与H组相比,BNoV组粪便变形菌门、埃希-志贺属、丁酸球菌属丰度极显著升高(P＜0.01),放线菌门、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、双歧杆菌属、粪杆菌属等丰度极显著或显著降低(P＜0.01;P＜0.05)。双歧杆菌属、柯林斯菌属、巨球型菌属、厄氏菌属、粪杆菌属等在H组显著富集,而丁酸球菌属、埃希-志贺属、脆弱拟杆菌、梭菌属等在BNoV组显著富集。与H组相比,BNoV组粪便菌群胞内过程和信号传导、脂质代谢、新陈代谢、异生物质生物降解与代谢、萜类和聚酮类化合物代谢等显著或极显著上调(P＜0.05;P＜0.01),而膜转运、复制与修复、翻译、核苷酸代谢、遗传信息处理等显著或极显著下调(P＜0.05;P＜0.01)。【结论】感染BNoV的腹泻犊牛粪便菌群丰富度、多样性、物种组成和功能与健康犊牛显著不同,提示BNoV感染犊牛处于肠道菌群紊乱状态。

关键词：牛诺如病毒(BNoV);犊牛腹泻;粪便菌群;16SrRNA扩增子测序

基金资助：宁夏自然科学基金项目(2022AAC03231);宁夏回族自治区重点研发计划项目(2021BEF02028、2021BEF01001)