内蒙古牛冠状病毒全基因组测序与遗传进化分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第11期北京时间：

作者：其勒木格, 王旭芬, 侯琳, 张嘉磊, 马聿田, 张志丹, 周伟光

单位：1. 内蒙古农业大学兽医学院, 呼和浩特 010018;2. 农业农村部动物疾病临床诊疗技术重点实验室, 呼和浩特 010018

摘要：【目的】 了解内蒙古地区牛冠状病毒(Bovine coronavirus，BCoV)流行毒株的全基因组特征和遗传进化情况，为有效防控BCoV感染提供参考。【方法】 本研究对疑似感染BCoV的犊牛脾脏进行宏病毒组测序和步移RT-PCR扩增，获得BCoV全基因组序列，并对其进行生物信息和遗传进化分析。利用Oligo 7.0软件设计特异性引物扩增S基因，并对其进行遗传进化、氨基酸序列变异、抗原表位预测及三级结构预测分析。【结果】 本研究从疑似感染BCoV的犊牛脾脏中成功获得大小为30 971 bp的BCoV全基因组序列，NCBI登录号为PP352170.1，该全基因组核苷酸序列与BCoV爱尔兰株ABGEB0-62相似性最高，为99.2%，并与该株亲缘关系最近，同时与BCoV法国株BCoV_2014_13和挪威株Nes_2012-01-03属于同一进化分支；扩增出的S基因核苷酸长度为4 092 bp，与BCoV爱尔兰株ABGEB0-62 S基因序列亲缘关系最近，处于同一进化分支，但核苷酸序列与BCoV内蒙古株NMG1 S基因相似性最高，为99.4%；S基因编码的氨基酸与Mebus株比对发现，有15个氨基酸变异位点(S1亚基12个，S2亚基有3个)，其中变异的氨基酸残基154、260、499-520、718、1 192、1 344位氨基酸处于抗原表位区，并导致S蛋白三级结构发生改变。【结论】 本研究利用宏病毒组测序和基因组5'-端步移RT-PCR法获得内蒙古BCoV株全基因组序列，其S蛋白抗原表位区氨基酸位点发生变异和三级结构改变，预示S蛋白抗原性发生了改变；S1亚基的多态性区域氨基酸位点的变异预示S蛋白的致病性发生变化。

关键词：牛冠状病毒(BCoV);全基因组;宏病毒组;S基因')">S基因;遗传进化

基金资助：内蒙古自治区科技重大专项(2021ZD0013、2020ZD0006)