基于全基因组重测序分析酃县白鹅保种效果

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第11期北京时间：

作者：万伟粲, 张旭, 黄璇, 燕海峰, 蒋桂韬, 李闯

单位：湖南省畜牧兽医研究所, 长沙 410131

摘要：【目的】 酃县白鹅是湖南地区优秀的地方鹅种，为了解酃县白鹅的保种效果，对保种场各家系进行保种工作的评估。【方法】 从酃县白鹅保种场的42个家系中各选取1只公鹅，翅静脉采血，提取DNA，进行全基因组重测序。基于保种场42只酃县白鹅公鹅的重测序数据，对其群体遗传结构和遗传多样性进行分析与评价。【结果】 检测到采样群体的SNPs位点14 270 647个，经数据质控和过滤筛选出13 696 453个SNPs位点。主成分分析(PCA)结果发现，42只公鹅个体可以明显聚为3个亚群；通过群体渗透分析发现，3个亚群之间未发生明显的杂化现象(K=3)。亚群1和亚群3的群体分化指数(Fst值)为0.0842。42只酃县白鹅共检测到832条连续性纯合片段(ROH)，ROH片段长度都集中在0～2 Mb区间；基于ROH得到的近交系数FROH值为0.0130。群体的期望杂合度为0.2918，观测杂合度为0.2968，群体近亲系数(Fis)为0.036，多态信息含量(PIC)为0.266，基因多样性指数(Nei)为0.336。【结论】 酃县白鹅保种场的鹅遗传多样性比较丰富，群体近交程度比较低，观测杂合度略高于期望杂合度，并无显著性差异，说明群体处于平衡状态，但部分亚群出现了中度遗传分化，后续保种过程中要使这些亚群进行杂交，以减少酃县白鹅遗传分化的程度。

关键词：酃县白鹅;全基因组重测序;遗传多样性;群体结构

基金资助：湖南省家禽产业技术体系(湘农函[2023]67号)