断奶仔猪肠道古菌菌群结构功能与腹泻的相关性研究

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第11期北京时间：

作者：潘成麟, 宋彤星, 章啸君, 楼芳芳, 胡旭进, 屠平光, 肖英平, 吕文涛

单位：1. 华中农业大学动物科学技术学院, 武汉 430070;2. 浙江省农业科学院农产品质量安全与营养研究所, 省部共建农产品质量安全危害因子与风险防控国家重点实验室, 杭州 310021;3. 金华市农业科学研究院畜牧兽医研究所, 金华 321017

摘要：【目的】 研究断奶仔猪肠道古菌菌群结构功能，分析古菌与断奶仔猪腹泻的相关性，为防治断奶仔猪腹泻提供理论依据。【方法】 选取同批次24日龄健康断奶仔猪(H组)和腹泻断奶仔猪(D组)各32头，采集粪便后通过16S rRNA基因测序分析两组粪便样本古菌菌群结构，使用PICRUSt2软件预测肠道古菌功能，分析差异古菌与断奶仔猪腹泻的相关性。【结果】 健康和腹泻断奶仔猪腹泻评分差异显著(P＜0.05)。广古菌门(Euryarchaeota)、泉古菌门(Crenarchaeota)和奇古菌门(Thaumarchaeota)为健康和腹泻仔猪优势古菌菌门；健康仔猪优势菌属为甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)、Euryarchaeota_norank和甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)。腹泻仔猪优势菌属为Euryarchaeota_norank、甲烷八叠球菌属和甲烷短杆菌属。腹泻仔猪菌群多样性和丰富度高于健康仔猪，且健康和腹泻断奶仔猪的古菌菌群结构和功能差异显著(P＜0.05)，古菌菌群结构差异主要体现在甲烷八叠球菌属、Euryarchaeota_norank、恐硫球菌属(Sulfophobococcus)、Nitrosarchaeum、热网菌属(Pyrodictium)等菌属上；古菌菌群功能差异主要体现在脂多糖的生物合成、氨基酸生物合成、抗原处理和表达等通路上。相关性分析发现，甲烷八叠球菌属、恐硫球菌属、Euryarchaeota_norank、甲烷暖球菌属(Methanocaldococcus)、火球菌属、甲烷卵圆形菌属(Methanocalculus)和Nitrosarchaeum的相对丰度与断奶仔猪腹泻均显著相关(P＜0.05)。【结论】 健康和腹泻断奶仔猪肠道古菌菌群结构和功能存在显著差异，腹泻断奶仔猪Euryarchaeota_norank相对丰度较高，而甲烷八叠球菌属相对丰度较低，Euryarchaeota_norank、甲烷八叠球菌属和恐硫球菌属与断奶仔猪腹泻存在相关性。

关键词：断奶仔猪;腹泻;16SrRNA;古菌

基金资助：金华市农业科技重点项目(2021-2-010);国家自然科学基金(32372907)