大庆地区犊牛肠道病毒种群的宏基因组学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2024年第12期北京时间：

作者：陈天杰, 李玉铎, 周华亮, 肇慧君, 赵建军

单位：1. 黑龙江八一农垦大学动物科技学院, 大庆 163319;2. 黑龙江省大庆市农业农村局, 大庆 163311;3. 深圳海关动植物检验检疫技术中心, 深圳 518038;4. 大连海关技术中心, 大连 116001

摘要：【目的】 了解大庆地区奶牛群体犊牛肠道病毒的种群组成及遗传变异情况，为犊牛腹泻病毒性病原的检测与防控技术研究提供理论依据。【方法】 于大庆周边奶牛场，采集155份犊牛粪便样品，随机分为6个腹泻样品池和3个临床无腹泻症状样品池。提取总核酸，基于Illumina测序平台进行高通量测序，利用SPAdes和SOAPdenovo进行序列拼接和组装，根据获得的序列分析病毒种群组成和遗传变异情况。【结果】 成功注释到21个病毒科的6 517 147条病毒相关序列，除噬菌体外，冠状病毒科丰度最高，小RNA病毒科次之。将腹泻样本的注释结果与临床无腹泻样本进行比较发现，无腹泻样本中的病毒种群多样性明显高于腹泻样本，细小病毒科、小RNA病毒科及呼肠孤病毒科在腹泻样本中的相对丰度高于无腹泻样本。本研究还注释到牛环曲病毒(BToV)、牛嵴病毒(BKV)和牛诺如病毒(BNoV)等多种新发犊牛腹泻病毒序列，且首次在黑龙江地区犊牛粪便中注释到牛纽布病毒(BNeV)。对组装到的牛轮状病毒(BRV)、牛冠状病毒(BCoV)和牛星状病毒(BoAstV)基因组进行遗传进化分析，结果表明，BRV流行基因型为G6、G10、P[5]和P[11]；组装到的1条BCoV全长基因组与中国流行毒株Coronavirus/Bo/BCoV6/2021/CHN亲缘关系最近；组装到的5条BoAstV均聚集在肠道组织嗜性毒株分支。【结论】 大庆地区犊牛肠道病毒种群中冠状病毒科丰度最高，腹泻组样本病毒种群多样性低于无腹泻组。粪便样本中注释到BToV、BKV和BNoV等多种致犊牛腹泻的病毒，首次在黑龙江犊牛粪便中注释到BNeV，分析了当地流行BRV、BCoV和BoAstV遗传进化特点，为当地犊牛腹泻病毒性病原检测提供理论依据。

关键词：犊牛肠道病毒;病毒宏基因组学;高通量测序

基金资助：黑龙江省重点研发计划项目(GA21B004)；家畜疫病病原生物学国家重点实验室开放基金课题(SKLVEB2021KFKT017)