1株猪源动物联合乳杆菌S7全基因组测序及生物信息学分析

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第1期北京时间：

作者：刘辉, 季海峰, 王四新, 陈美霞, 张董燕

单位：北京市农林科学院畜牧兽医研究所, 北京 100097

摘要：【目的】 旨在对1株具有较强耐酸耐胆盐特性的猪源动物联合乳杆菌S7进行全基因组测序及生物信息学分析。【方法】 结合三代PacBio RS Ⅱ和二代Illumina HiSeq 2000测序技术对动物联合乳杆菌S7进行了全基因组测序,在此基础上使用GO、EggNOG、KEGG、CAZy、VFDB和CARD等数据库注释功能基因,利用TYGS(Type Strain Genome Server)构建系统发育树,并与2株同源模式菌株进行了共线性分析。【结果】 动物联合乳杆菌S7的基因组大小为2.03 Mb,GC含量为44.14%,共预测到1 993个编码基因,包含65个tRNA、19个rRNA、35个sRNA、29个持家基因、11个基因组岛、6个前噬菌体、4个CRISPR-Cas、8个插入序列和10个转座子;分别有1 521、1 567、1 185和60个基因在GO、EggNOG、KEGG和CAZy数据库中得到注释;在VFDB和CARD数据库中注释到181个毒力基因和110个耐药基因;另外有14个基因参与耐酸,2个基因参与耐胆盐,22个基因参与黏附和聚集;基因组中还包括与温度应激、氧化应激和细菌素合成等多种与益生功能相关的基因。系统发育树和共线性分析发现,该菌株与模式菌株Ligilactobacillus animalis P38的进化关系最近。【结论】 动物联合乳杆菌S7基因组中具有与耐酸、耐胆盐、黏附和聚集、温度应激、氧化应激和细菌素等相关的功能基因,可为菌株在饲料添加剂中的科学应用提供理论依据。

关键词：猪;动物联合乳杆菌;全基因组测序;基因注释

基金资助：重点研发计划(2022YFD1300400);北京市农林科学院科技创新能力建设专项(KJCX20240507);北京市农林科学院畜牧兽医研究所改革与发展项目(XMS202307);国家自然科学基金(32202705)