基于转录组和基因组数据筛选剑白香猪两头乌毛色的候选基因

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第1期北京时间：

作者：胡紫平, 苏艳芳, 宗文成, 牛乃琪, 张龙超, 王源

单位：1. 青岛农业大学动物科技学院, 青岛 266109;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193

摘要：【目的】 剑白香猪的毛色表型多为两头乌,但影响其毛色表型的候选基因鲜见报道。试验旨在筛选影响剑白香猪两头乌毛色的候选基因。【方法】 基于剑白香猪黑、白皮肤组织的转录组数据进行差异表达基因筛选,同时结合138头剑白香猪与130头北京黑猪50K芯片数据(Porcine SNP50 BeadChip)进行选择信号分析,通过GO功能和KEGG通路分析筛选影响剑白香猪毛色的候选基因。【结果】 在转录组分析中,554个基因在黑、白毛色皮肤组织中差异表达,其中295个上调,259个下调。共筛选到6个GO条目和2条KEGG通路,获得TYR、TYRP1、DCT、PLCB4等12个与毛色形成相关的候选基因。基于基因组数据进行群体间遗传分化指数(Fst)分析共筛选到3个GO条目、4条KEGG通路中PLCB4、FZD8、WNT2等32个候选基因可能参与剑白香猪毛色形成过程。【结论】 综合选择信号和转录组差异分析,两者共同筛选到的基因为PLCB4,可将其作为影响剑白香猪两头乌毛色表型的重要候选基因,为今后剑白香猪毛色形成相关分子调控机制研究提供参考。

关键词：剑白香猪;转录组;基因组;毛色;候选基因

基金资助：国家重点研发计划(2021YFD1200303);国家生猪产业技术体系(CARS-35);中国农业科学院科技创新工程(ASTIP-IAS02)