基于“桂芯一号”液相芯片的南丹瑶鸡鸡冠性状全基因组关联分析

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第4期北京时间：

作者：杨祝良, 罗锦堂, 张珍, 黎剑能, 李福球, 杨秀荣

单位：1. 广西大学动物科学技术学院, 南宁 530004;2. 广西贵港市港丰农牧有限公司, 贵港 537100;3. 广西畜禽繁育与疾病防控重点实验室, 南宁 530004

摘要：【目的】筛选影响南丹瑶鸡鸡冠性状的候选基因和分子标记，以期为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育工作提供技术支撑。【方法】本研究收集了464只南丹瑶鸡在7、10、15、18、22、26周龄的鸡冠表型，同时采集试验鸡血样提取DNA，并通过“桂芯一号”液相芯片进行分型。使用GEMMA软件的单变量混合线性模型对不同周龄南丹瑶鸡鸡冠的高度、长度、厚度和面积进行全基因组关联分析(GWAS)。利用ANNOVAR对关联的单核苷酸多态性(SNP)位点进行注释，并对注释到的基因进行GO功能及KEGG通路富集分析。【结果】南丹瑶鸡鸡冠面积、鸡冠高度、鸡冠长度、鸡冠厚度4个表型指标分别关联到7、8、21和10个SNPs位点，共注释到37个基因，通过相关生物信息学分析及功能注释，最终筛选出7个与南丹瑶鸡鸡冠性状相关的候选基因：CELF2、MAP7、MAP3K5、AKT3、IFNGR1、IL20RA和MANBA。【结论】本研究鉴定了39个与南丹瑶鸡鸡冠性状潜在相关的SNPs，并筛选出7个可能影响鸡冠大小的候选基因。研究结果为南丹瑶鸡鸡冠性状的选育提供了有效分子标记，为培育优良地方品种提供了重要理论基础。

关键词：南丹瑶鸡;鸡冠;“桂芯一号”液相芯片;全基因组关联分析

基金资助：广西科技重大专项(桂科AA23062049);国家现代农业产业体系广西家禽产业创新团队(nycytxgxcxtd-2024-19)