藏鸡胚胎不同发育阶段腿肌组织中miRNA的分析及鉴定

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第4期北京时间：

作者：李志毅, 李洁, 陈楚雯, 农意, 王佳燕, 王孜, 吴锦波, 李志雄

单位：1. 西南民族大学, 青藏高原动物遗传资源保护与利用教育部重点实验室, 成都 610041;2. 西南民族大学畜牧兽医学院, 成都 610041;3. 阿坝藏族羌族自治州畜牧科学技术研究所, 阿坝 624402

摘要：【目的】探索藏鸡胚胎期与骨骼肌生长发育相关的微小RNA (miRNA)，对其进行差异表达分析并构建miRNA-mRNA调控网络，为进一步了解miRNA在鸡肌肉生长发育过程中的调控机制提供理论基础。【方法】采集藏鸡胚胎期第10(E10)、14(E14)、18(E18)天腿肌组织进行转录组测序。通过生物信息学分析筛选出在3个日龄中均差异表达的miRNA，对差异表达的miRNA进行GO功能与KEGG通路富集分析，筛选与肌肉发育相关的mRNA和miRNA构建mRNA-miRNA调控网络，并随机选择6个差异表达的miRNAs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】共有52个miRNAs在E10和E14中差异表达，137个miRNAs在E10和E18中差异表达，33个miRNAs在E14和E18中差异表达，有8个miRNAs在3个藏鸡不同时期胚胎腿肌中均差异表达。GO功能富集结果显示，与骨骼肌生长发育相关的条目有肌动蛋白结合、肌原纤维的组装、肌动球蛋白结构组织和基于肌动蛋白丝的过程、肌纤维膜等。KEGG通路富集结果发现，大量基因显著富集到与细胞的黏附、生存、迁移、增殖、代谢和分化、免疫调节等生物学功能有关的信号通路中。miRNA-mRNA调控网络结果显示，miRNA-210a-3p-MYO1D/PDLIM3、miRNA-1662-DMD/SYNM、miRNA-184-3p-FHOD1等相互调控可能在鸡胚胎期肌肉生长发育过程中起重要作用。研究筛选出miRNA-133c-3p、miRNA-184-3p、miRNA-1662、miRNA-210a-3p、miRNA-1a-3p等miRNAs可能参与肌肉生长发育的过程。实时荧光定量PCR验证结果显示，6个miRNAs的表达趋势与转录组测序结果相一致。【结论】本研究共测得222个差异表达的miRNAs，其中有8个miRNAs在3个日龄中均差异表达，为后续miRNA在调控鸡胚胎时期肌肉生长发育的研究提供理论依据。

关键词：藏鸡;胚胎期;肌肉发育;miRNA;转录组测序

基金资助：四川省科技计划项目(2021YFYZ0031);四川省自然科学基金(2023NSFSC1142);西南民族大学中央高校基本科研业务费专项基金项目(ZYN2022021)