淇河鲫Runx2b基因克隆、序列分析及时空表达

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第6期北京时间：

作者：闪金研, 连凯琪, 马峻, 刘玉玲, 聂竹兰, 李斌顺, 彭仁海, 魏杰

单位：1. 塔里木大学生命科学与技术学院, 阿拉尔 843300;2. 安阳工学院生物与食品工程学院, 安阳 455000;3. 河南省海河流域水生生物多样性野外科学观测研究站, 林州 456576;4. 河南师范大学水产学院, 新乡 453007;5. 林州市水产技术推广站, 林州 456576

摘要：【目的】成骨分化特异转录因子2b(Runx2b)基因在调节鱼类骨骼发育方面具有重要作用。本研究旨在探究淇河鲫(Qihe crucian carp,Carassius auratus)Runx2b基因的特征和表达情况。【方法】参考银鲫Runx2b基因序列(GeneBank登录号：NC_068415.1)结合本地基因组数据进行BLAST比对设计引物，通过PCR分段克隆Runx2b基因，并分别通过DNAStar和Mega 11.0软件进行序列相似性比对及系统发育树构建。通过ORF finder和ProtParam等在线网站进行生物信息学分析。利用实时荧光定量PCR技术检测Runx2b基因在淇河鲫不同发育时期和不同组织中的表达水平。【结果】测序拼接比对后得到Runx2b-A和Runx2b-B基因，其CDS区均为1 392 bp，编码463个氨基酸。两基因的CDS序列相似性为95.33%，Runx2b-A和Runx2b-B氨基酸序列均与银鲫对应的氨基酸序列相似性最高，分别为98.0%和99.1%。系统进化树分析显示，淇河鲫与银鲫亲缘关系最近。生物信息学分析表明，两个Runx2b蛋白分子式分别为C2206H3409N637O685S18和C2196H3395N633O695S16，均属于亲水性不稳定蛋白，且蛋白质结构主要以无规则卷曲为主，两个蛋白质序列中都存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。实时荧光定量PCR检测结果表明，Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫整个肌间刺发育阶段整体表达趋势较为一致，肌间刺发育前期(1～5 dph)表达量较高，在肌间刺开始发育后(5～13 dph)表达量逐渐降低，在后期表达量出现上升趋势，尤其在肌间刺发育晚期(25～45 dph)仍有较高的表达量；Runx2b-A和Runx2b-B基因在淇河鲫脑、肝脏、背部肌肉、尾部肌肉等9个组织中均有表达，二者均在脑和肝脏中表达量较高，且显著高于其他组织(P＜0.05)，二者在尾部肌肉中的相对表达量均显著高于背部(P＜0.05)，但在不同组织中呈现差异表达，具有不同的表达水平。【结论】本研究成功克隆获得两条淇河鲫同源基因Runx2b-A和Runx2b-B的CDS序列，二者氨基酸序列与鲤科鱼类的相似较高，蛋白质序列中存在Runx家族蛋白特征性的Runt-dom和RunxⅠ保守结构域。淇河鲫两个Runx2b基因表达具有广泛的组织分布，但在不同组织中呈现差异表达，具有不同的表达模式；在不同发育时期整体表达趋势较为一致，在肌间刺发育晚期仍有较高的表达量，可为后续深入研究肌间刺发育机制和创制无肌间刺淇河鲫奠定基础。

关键词：淇河鲫;Runx2b基因')">Runx2b基因;克隆;序列分析;时空表达

基金资助：国家重点研发计划(2023YFD2400300)；河南省科技攻关项目(242102110065)；安阳市科技攻关项目(2023C01NY013)