不同生长速度撒坝猪背最长肌lncRNA筛选与功能预测

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第6期北京时间：

作者：任灏, 朱怡轩, 晁婷婷, 王孝义, 鲁绍雄, 杨永立, 陈强, 李明丽

单位：云南农业大学动物科学技术学院, 昆明 650201

摘要：【目的】筛选快、慢生长速度撒坝猪背最长肌组织中的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)，并探讨其在猪生长发育过程中的重要作用。【方法】选择322日龄体重最大和最小的撒坝猪各6头(公、母各3头)，分为快长组(fast-growth group,FG)和慢长组(slow-growth group,SG)，分别取其背最长肌样品进行转录组测序。测序数据经质控、比对和拼接后，使用DESeq2软件包筛选出快长组和慢长组的差异表达lncRNA，预测其靶基因，并对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。随机挑选6个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】共筛选出165个差异表达lncRNAs，其中71个上调，94个下调，并预测到了65个靶基因。GO功能和KEGG通路富集分析结果显示，靶基因显著富集在脂质代谢过程、经典Wnt信号通路等功能条目，以及Wnt信号通路、精氨酸和脯氨酸代谢、组氨酸代谢等通路。实时荧光定量PCR结果显示，所挑选的6个差异表达lncRNAs(ENSSSCT00000085548、MSTRG.8918.1、MSTRG.20943.30、MSTRG.7048.7、MSTRG.11735.9、MSTRG.20943.40)的表达趋势与转录组测序结果一致，且在快、慢长组撒坝猪背最长肌中均存在显著差异(P＜0.05)。【结论】本研究发现的部分lncRNAs与肌肉生长发育过程有关，其可能通过调控WNT10B、SFRP4、LEP、MAOB、ARG1、PRICKLE1和DUSP1等基因的表达影响平均日增重等生长性状，进而导致撒坝猪群体内的生长速度存在差异。研究结果为深入揭示猪生长发育的分子调控机制及平均日增重等生长性状的遗传改良提供了理论依据。

关键词：撒坝猪;背最长肌;转录组测序;lncRNA;生长发育

基金资助：云南省产业技术领军人才专项(YNWR-CYJS-2018-056)；云南省创新引导与科技型企业培育计划项目(202104BI090022)；云南省重大科技专项计划(202102AE090039)；云南省生猪产业技术体系建设项目(2023KJX0016)