无PERV传染性“中畜”五指山小型猪近交系全基因组重测序分析

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第6期北京时间：

作者：章冰艳, 范瑞, 冯书堂, 贾俊婷, 张建斌, 马玉媛

单位：1. 天津农学院动物科学与动物医学学院, 天津市农业动物繁育与健康养殖重点实验室, 天津 300392;2. 军事医学研究院, 国家药品监督管理局血液制品质量控制重点实验室, 北京 100850;3. 北京盖兰德生物科技有限公司, 北京 102206

摘要：【目的】自前期选育获得的无猪内源性反转录病毒(Porcine endogenous retrovirus，PERV)传染性“中畜”五指山小型猪近交系(Zhong Xu Wuzhishan Mini-pig Inbred line，ZXWIPIG)新品系中，选取1头雌性猪(ZXWIPIG505)进行全基因组重测序分析，以进一步从分子水平上阐释无PERV传染性猪新品系的序列特征。【方法】分离ZXWIPIG505外周血单个核细胞并提取其基因组DNA，利用Illumina HiSeq-4000测序平台进行全基因组重测序。分别使用BLAST和SAMtools 0.1.19软件，提取ZXWIPIG505基因组中整合的PERV长片段和PERV-pol基因序列片段，并使用DNAStar软件对整合的PERV结构基因序列进行分析。将ZXWIPIG505中整合的PERV-pol基因序列特征与前期鉴定的PERV-pol缺陷型ZXWIPIG452中PERV-pol基因序列进行比较研究。【结果】ZXWIPIG505全基因组重测序平均测序深度为14.32×，测序数据有效率为97.21%，Q20为94.37%，Q30为87.03%，GC含量为43.38%，表明本次测序数据质量较高。ZXWIPIG505基因组中共整合5条PERV长片段，其中仅scaffold5028含有PERV全部结构基因，但均为缺陷型。ZXWIPIG505基因组中共整合85条PERV-pol基因片段序列，比对发现所有PERV-pol基因片段均不完整，为缺陷型。ZXWIPIG505和ZXWIPIG452基因组中整合的PERV-pol基因序列存在高度相似性，60条序列长度相同，75条序列在猪基因组中的整合位点相同，42条序列的PERV-pol基因提前终止位点相同。【结论】前期选育的ZXWIPIG505为PERV-pol基因缺陷型猪，并且ZXWIPIG505和ZXWIPIG452中整合的PERV-pol基因序列具有高度相似性。

关键词：猪内源性反转录病毒;“中畜”五指山小型猪近交系;基因缺陷型;全基因组重测序

基金资助：国家自然科学基金面上项目(32070538)