圈养腹泻和健康林麝粪便菌群差异分析

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第8期北京时间：

作者：张杰, 郑雪莉, 姜艳芬, 王洪永, 乔美萍, 唐清山, 卜书海

单位：1. 西北农林科技大学生命科学学院, 杨凌 712100;2. 西北农林科技大学林学院, 杨凌 712100;3. 西北农林科技大学动物医学院, 杨凌 712100;4. 陕西省镇坪县逢春林麝养殖有限责任公司, 镇坪 725600;5. 青川九药麝业开发有限公司, 广元 628100

摘要：【目的】 对比分析圈养条件下腹泻和健康林麝粪便菌群组成和多样性差异，找出具有显著差异的生物标志菌群，为防治林麝腹泻提供参考。【方法】 利用Illumina NovaSeq 6000平台对腹泻(D组，n=10)和健康(H组，n=10)林麝粪便菌群总DNA中16S rRNA基因V3-V4区测序，分析D和H组林麝粪便在菌群组成、多样性、标志菌群和功能之间的差异。【结果】 Alpha多样性分析结果显示，D组林麝粪便中菌群的ACE和Chao1指数显著高于H组(P＜0.05)，Simpson和Shannon指数低于H组，其中Simpson指数差异显著(P＜0.05)；Beta多样性分析结果显示，D和H组间的菌群群落结构存在显著差异(R2＝0.55，P＝0.001)；门水平上，厚壁菌门(Firmicutes)是2组的共有优势菌门，差异菌门包括拟杆菌门(Bacteroidota)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteriota)。属水平上，瘤胃菌科UCG 005属(Ruminococcaceae_UCG_005)是2组的共有优势菌属，差异菌属包括不动杆菌属(Acinetobacter)、拟杆菌属(Bacteroides)和理研菌科RC9属(Rikenellaceae_RC9_gut_group)；D组有奥尔森菌属(Olsenella)等23个标志菌群，H组有理研菌科RC9属等15个标志菌群；基于PICRUSt2功能预测发现，与H组相比，D组膜转运、氨基酸运输与代谢、内分泌与代谢疾病等功能丰度显著增加(P＜0.05)，而次级代谢物的合成、细胞增殖与凋亡、免疫防御等显著下降(P＜0.05)。【结论】 腹泻会显著改变林麝肠道菌群组成、菌群多样性和功能丰度，肠道中不动杆菌属、奥尔森菌属和理研菌科RC9属等菌群的丰度是判断林麝肠道健康状态的特征标志菌群。

关键词：林麝;腹泻;粪便菌群;多样性

基金资助：麝香生产种质优化和健康养殖技术研究项目(2020ZDLSF05-01)