猪miR-1343生物信息学分析及其在卵泡颗粒细胞中的表达研究

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第8期北京时间：

作者：胡慧艳, 邵丽玮, 刘小辉, 袁英, 邳明伟

单位：1. 邯郸学院特殊教育学院, 邯郸 056005;2. 河北省畜牧兽医研究所, 保定 071000;3. 河北工程大学生命科学与食品工程学院, 邯郸 056038;4. 邯郸市动物疫病预防控制中心, 邯郸 056005;5. 廊坊市农业农村局, 廊坊 065000

摘要：【目的】 为探究miR-1343在猪卵巢颗粒细胞中的调控机制，本研究基于生物信息学方法对miR-1343靶基因进行预测分析，并探索生殖激素对猪卵巢颗粒细胞中miR-1343表达的影响。【方法】 通过miRbase在线数据库获取miR-1343成熟序列，并进行序列保守性分析。分离培养猪卵泡颗粒细胞，接种于6孔板，待细胞汇合度达70%～80%时，将细胞分为2组：对照组和试验组，分别对应添加0和20 IU/mL卵泡刺激素(follicle-stimulating hormone,FSH)，每组3个重复，添加24 h后收集细胞，利用实时荧光定量PCR检测miR-1343的表达水平。利用PROMO在线软件对猪miR-1343启动子区转录因子结合位点进行预测。通过TargetScan、miRDB和Starbase数据库对miR-1343进行靶基因预测，并利用DAVID在线数据库对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用STRING数据库对靶基因进行蛋白互作分析(PPI)，采用Cytoscape软件绘制蛋白质调控网络。【结果】 miR-1343成熟序列在多个物种中高度保守。与对照组相比，试验组细胞miR-1343的表达极显著下调(P＜0.01)。miR-1343启动子区分布有转录因子Sp1、SMAD3、SMAD4和FOXO4等结合位点。选用不同数据库预测共得到278个靶基因。GO功能富集结果显示，miR-1343靶基因主要富集在磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、蛋白质磷酸化、DNA模板转录的正调控等生物过程；细胞核、细胞质、细胞质基质、核质等细胞组分；以及ATP结合、蛋白质同源二聚活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、染色质结合等分子功能。KEGG通路富集结果显示，miR-1343靶基因显著富集到与卵巢功能高度相关的多条信号通路，如Hippo信号通路、MAPK信号通路、甲状腺激素信号通路等。miR-1343靶基因PPI分析结果显示，SYNJ1、PLCB1、GSK3B基因与其他蛋白存在较多靶向关系。【结论】 颗粒细胞中miR-1343的表达受FSH的影响。miR-1343靶基因显著富集于卵巢功能相关的多条信号通路，miR-1343可能通过调控靶基因PLCB1、GSK3B的表达进而参与猪卵泡颗粒细胞的发育。本研究结果为进一探究miR-1343在猪卵巢颗粒细胞中的调控机制提供参考依据。

关键词：猪卵泡颗粒细胞;miR-1343;靶基因;生物信息学

基金资助：河北省自然科学基金(C2022109010)；邯郸学院高层次科研项目育苗工程(XZ2021407)