基于全基因组重测序分析攸县麻鸭群体遗传结构和遗传多样性

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第9期北京时间：

作者：何旭, 万伟粲, 刘洋, 黄璇, 张旭, 邓萍, 胡艳, 燕海峰, 戴求仲, 蒋桂韬, 李闯

单位：湖南省畜牧兽医研究所, 长沙 410131

摘要：【目的】 分析攸县麻鸭保种群的群体遗传结构和遗传多样性，以更好地保护和利用攸县麻鸭这一遗传资源。【方法】 本研究从攸县麻鸭保种场的30个家系中各选取1只公鸭进行翅静脉采血并提取DNA，通过全基因组重测序(WGS)获取遗传信息。基于30只公鸭的重测序数据，采用观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、群体近交系数(Fis)、多态信息含量(PIC)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)和香农指数(SHI)等指标评估群体遗传多样性；同时通过G矩阵、主成分分析(PCA)、群体结构分析和连续纯合性片段(ROH)分析揭示保种群体的遗传结构。【结果】 经过检测和筛选获得攸县麻鸭采样群体的单核苷酸多态性(SNPs)位点18 853 217个；G矩阵结果显示，大部分个体间亲缘关系较远，仅少数个体存在较近的亲缘关系；PCA将样本分为3个亚群，大部分样品较为聚集；各亚群中，亚群1与亚群3之间的群体分化指数(Fst)为0.051，有中等程度的分化，其余亚群之间Fst均小于0.050；在群体遗传结构分析中，当K=2时，群体被最优地分为2个群体；攸县麻鸭群体的He略大于Ho(0.299 vs.0.288)，PIC、Nei和Ne分别为0.258、0.324和1.524；群体共检测出493个ROH，ROH总长度为333.80 Mb，FROH平均值为0.011。【结论】 攸县麻鸭保种场群体的遗传结构相对稳定，存在一定程度的近亲关系但处于相对较低水平，后续的保种工作需要加强外部血缘的引入，合理规划配种方案，做好内部管理，以维持较低的近交水平。

关键词：全基因组重测序;攸县麻鸭;遗传多样性;群体遗传结构;保种

基金资助：长沙市自然科学基金(kq2402133)；湖南省家禽产业技术体系(HARS-06)