杜洛克猪平均日增重的全基因组关联分析

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第10期北京时间：

作者：张长亮, 徐志婷, 郭凯旋, 苏超, 宁文哲, 司景磊, 周隽, 高亚辉, 张哲

单位：1. 华南农业大学动物科学学院, 广东省农业动物基因组学与分子育种重点实验室, 猪禽种业全国重点实验室, 广州 510642;2. 广西农垦永新畜牧集团有限公司, 南宁 530022

摘要：【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study，GWAS)鉴定杜洛克猪平均日增重(average daily gain，ADG)的候选基因，并结合基因表达调控数据开展共定位分析，深入阐明ADG的遗传调控机制。【方法】基于1 346头杜洛克猪ADG的表型记录和中芯一号50K芯片基因型数据，开展GWAS以识别ADG的数量性状基因座(quantitative trait locus，QTL)和候选基因。采用GO和KEGG富集分析探索候选基因的生物学功能，并结合PigGTEx(pig genotype-tissue expression)项目中34个组织的表达数量性状基因座(expression quantitative trait locus，eQTL)数据进行共定位分析，解析ADG的潜在因果基因和功能组织。【结果】通过GWAS共检测出1 530个显著单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNPs)(P＜5×10-5)，定位到50个QTL，分布在第1、3～8、10～13、15～18号染色体上。基于Ensembl数据库对QTL区域进行注释，得到513个候选基因。其中，ALPK2、TULP3和TMOD4基因通过GO和KEGG富集分析在肢体发育、肌肉细胞发育等通路显著富集。共定位分析结果显示，3个潜在因果变异通过调控不同组织中的MVP、PRR14和DDX11基因表达，进而影响ADG性状。【结论】本研究通过GWAS和共定位分析，鉴定了杜洛克猪ADG的关键QTL区域及潜在因果基因，为杜洛克猪ADG性状的遗传改良提供了重要参考信息。

关键词：杜洛克猪;全基因组关联分析;平均日增重;共定位

基金资助：国家生猪产业技术体系(CARS-35)；广西科技计划项目(Guike JB23023003)