基于全基因组数据对新疆5个地方绵羊品种特异性SNP位点的筛选及鉴定

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第10期北京时间：

作者：缑帅帅, 刘玲玲, 曹行, 陈秋明, 吉飞龙, 刘武军

单位：新疆农业大学动物科学学院, 乌鲁木齐 830052

摘要：【目的】多浪羊、罗布羊、阿勒泰羊、巴什拜羊和吐鲁番黑羊是新疆具有代表性的地方绵羊品种，本研究聚焦新疆这5个主要地方绵羊品种，旨在明确其遗传特征，建立快速识别策略，为地方品种的精准鉴定与种质资源保护提供科学依据。【方法】围绕新疆地方绵羊品种的群体结构分析与品种鉴定，选取具有代表性的27个绵羊群体共206份样本，涵盖新疆5个主要地方品种(罗布羊、阿勒泰羊、巴什拜羊、多浪羊和吐鲁番黑羊)，以及多个培育品种和引进品种，兼顾地理分布、育种背景与经济类型，全面反映当前绵羊遗传资源结构。利用全基因组单核苷酸多态性(SNP)变异检测与群体遗传分析评估新疆地方绵羊品种的遗传独立性，通过设置case-control的方法计算群体分化指数(Fst)和等位基因频率差异(ΔAF)初步筛选品种特征变异位点，结合随机森林算法(RF)挖掘新疆5个地方绵羊品种的最优特异性SNP标记，并采用主成分分析(PCA)和邻接法(NJ)构建系统进化树鉴定结果的准确性。【结果】本研究针对新疆5个地方绵羊品种进行筛选，通过结合Fst、ΔAF和RF进行筛选与优化，并进行PCA和系统进化树验证，最终成功筛选到多浪羊30个SNPs、巴什拜羊47个SNPs、罗布羊46个SNPs、阿勒泰羊50个SNPs以及吐鲁番黑羊46个SNPs。这些SNP位点均经过准确率达98%左右的筛选标准鉴定，能够高效区分各品种。【结论】本研究基于全基因组数据建立了一套基于SNP标记的新疆5个地方绵羊品种特异性遗传标签体系，能够在分子层面高效、精准地进行品种鉴定，为后续研发专门品种的分子鉴定试剂盒提供了理论基础，实现了对新疆5个地方绵羊品种的快速、准确识别，助力品种资源管理与精准育种。

关键词：绵羊;全基因组重测序;单核苷酸多态性(SNP);品种鉴定

基金资助：自治区重点研发课题(2023B02015-1)；天山英才计划(2023TSYCLJ0017)；自治区羊产业技术体系(XJARS-09-04)